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R语言中对heatmap中的特定cell进行标记

已有 2457 次阅读 2016-10-28 22:18 |个人分类:R|系统分类:科研笔记

如何对heatmap中的特定cell进行突出显示或标记?Google后在http://stackoverflow.com/questions/7978533/highlight-cells-in-heatmap网址得到以下方法:

set.seed(310366)

nx=5

ny=6

SOI=matrix(rnorm(nx*ny,100,50),nx,ny)

colnames(SOI)=paste("NAP_G0",sort(as.integer(runif(ny,10,99))),sep="")

rownames(SOI)=sample(2315101:(2315101+nx-1))

above150 = SOI>150

below30=SOI<30

makeRects <- function(tfMat,border){  

   cAbove = expand.grid(1:nx,1:ny)[tfMat,]  

   xl=cAbove[,1]-0.49  

   yb=cAbove[,2]-0.49  

   xr=cAbove[,1]+0.49  

   yt=cAbove[,2]+0.49  

   rect(xl,yb,xr,yt,border=border,lwd=3)

}

heatmap(t(SOI),Rowv = NA, Colv=NA, add.expr = { makeRects(above150,"red");makeRects(below30,"blue")})


我是想在cell中标记一个点,因此用points代替rect函数,但总是发现点的位置不对,仔细检查点的坐标后,发现是points函数总坐标方向和heatmap函数纵坐标方向相反,进行坐标校正后,点的位置就对了。






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