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武汉新型冠状病毒中有同源特征结构域 疑为SARS近亲或者变种

已有 3509 次阅读 2020-1-20 15:02 |个人分类:雕虫小技|系统分类:科研笔记| SARS, 病毒, 生物信息学, 武汉新型病毒

用点医学生物信息学动手玩一下,抛砖引玉。

病毒的核酸序列变异很快,所以这里用CDD(蛋白质保守结构域)进行对比,发现其中有SARS病毒中的特征性结构域(图),统计显著性高。

两个病毒的结构域类型、数量和排列结构也具有高度相似性。

虽然据说致病性和传染力比较低,但是估计是SARS的变种或者近亲。


序列:

SARS病毒基因组序列: NC_004718.3 SARS coronavirus, complete genome

武汉新型病毒序列:WUHAN-HU-1,MN908947:Wuhan seafood market pneumonia virus.




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