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- 置顶 · 学习生物信息的第二好教程
- 生信的作用越来越大，想学的人越来越多，不管是为了以后发展，还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情，也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作，却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作，但不懂得背后的原理，不知道什么参数需要修改，结果可以出 ...
- 复现原文（一）：Single-cell RNA sequencing of human kidney（step by s
- https://www. nature.com/articles/s41 597-019-0351-8 NGS系列文章包括 NGS基础 、转录组分析 （ Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 ）、ChIP-seq分析 （ ChIP-seq基本分析流程 ）、单细胞测序分析 ( 重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 （原理、代码和评述） )、D ...
- 2019汇总之从4个关键词看单细胞与肝癌文献
- 文献汇总 | 2019的单细胞与病毒感染 在讲单细胞与肝癌之前， 我们先去看一下单细胞揭示正常肝脏细胞特征的分析 ，该文章于2019年7月发表于 Nature ，研究团队对来自9位人类供体的正常肝脏组织中的大约10,000个细胞进行了单细胞RNA测序，以构建人类肝脏细胞图集。 研究内容 ： 研究人员使用 mCEL-Seq ...
- CIRIquant：circRNA定量和剪接体转换识别
- 2020年1月3日，中国科学院北京生命科学研究院 赵方庆 团队在 《自然-通讯》 （Nature Communications）杂志上发表题为 Accurate quantification of circular RNAs identifies extensive circular isoform switching events 的文章。 该研究开发了环形RNA定量和差异表达分析的新方法： CIRIquant ...
- 风湿病年鉴 | scRNA-seq研究揭示骨关节炎患者的半月板退变新机制
- 骨关节炎 （ osteoarthritis, OA ）是关节外科目前最常见的退行性疾病，其中，膝关节病变占85%。国内外流行病学显示，在60岁以上的老年人中，约40%女性和20%男性会出现膝骨性关节炎相应的不适症状。随着中国人口的老龄化，骨关节炎的发生率逐渐增加，是导致中老年人群生活质量降低，医疗费用增加，残疾率升高的主要原因之 ...
- Mol. Biol. Evol. | 中科院动物所揭示石山叶猴适应喀斯特环境的遗传机制
- 中国科学院动物研究所灵长类生态学研究组与德国灵长类研究中心等国内外多家科研机构合作，利用 比较基因组 、 种群基因组 及其 细胞学功能实验 ，揭示了乌叶猴属中的石山叶猴种组物种适应喀斯特特殊生境的遗传机制，发现石山叶猴的钙离子通道蛋白（ CAV1.2 ）具有有效减少钙离子内流的作用，从而保证了石山叶猴物种在高钙 ...
- 功能强大的TCGA再分析平台
- TCGA是研究肿瘤相关机制的重要资源。在线数据库更新改版都比较快，使用时需要参照最新的线上数据教程。不过癌症相关的数据库操作起来也都比较类似，输入一个或多个关注的目的基因，查看基因的功能注释，基因在哪些样品中存在突变，突变位点的分布，共表达网络，生存分析等。 本系列包括了 TCGA 本站中数据的浏览、下载， ...
- 你的数据也可以-两篇NAR的数据库
- 生物信息分析离不开数据资源和数据库， 生物信息学数据库分类概览 (第一版) 系统梳理了常用功能数据库。 下面再分析 2 个NAR发表的新数据库，以飨读者。 中医药方剂的数据库，收录方剂、药材、靶点、疾病、通路等信息， 网站古色古香，设计精美，交互探索，网络大气， 高颜值是很好的敲门砖， 于2018年发表于 ...
- 耗时很长的程序忘加nohup就运行了怎么办？
- 在 NGS基础：测序原始数据下载 一文中提到可以使用 SRA-toolkit 中的命令 fastq-dump 从NCBI下载原始测序数据，命令如下。 nohup fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR5908360 nohup fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR5908361 这个代码，给我们4个提示： fastq-dump 不只可以转换下载好的 sra 文件为 fas ...
- 这个只需一步就可做富集分析的网站还未发表就被CNS等引用超过350次
- Metascape 专门为生物学者设计的基因富集分析网站 一、Metascape简介 Metascape（ http:// metascape.org/ ） 是一个功能强大的 基因功能注释分析工具 ，能帮助用户将当前流行的生物信息学分析方法应用到批量基因和蛋白质的分析中，以实现对基因或蛋白功能的认知。只需在Metascape网页几步简单的操作，就 ...
- 瘟疫期间整理出万有引力的牛顿都做了哪些贡献？
- 万有引力定律已经存在牛顿脑海里很久了 1665 年，英国伦敦大瘟疫 当时牛顿正在剑桥就读 买不到口罩的他 被迫回家进行自我隔离 他亲戚不走，聚会也不参加 但就是这段时间 让他有机会思考如下的问题： 是什么力量 使得行星围绕着太阳运转？ 又是什么力量 让这些星体不互相碰撞？ 苹果为什么会落到地上 而不是天 ...
