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置顶 · 学习生物信息的第二好教程
2017-7-7 08:15
生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作,但不懂得背后的原理,不知道什么参数需要修改,结果可以出 ...
个人分类: 生物信息|5196 次阅读|没有评论
用R在地图上绘制网络图的三种方法
陈同 2019-10-28 19:34
作者:严涛浙江大学作物遗传育种在读研究生(生物信息学方向) 伪码农,R语言爱好者,爱开源 又到了亲爱的严涛老师时间: 诺奖文章里面的动图布局教程来了 !! R包ggseqlogo |置换序列分析图 ggplot2高效实用指南(可视化脚本,工具,套路,配色) ComplexH ...
个人分类: 生物信息|2744 次阅读|没有评论
PCA主成分分析实战和可视化 | 附R代码和测试数据
陈同 2019-10-28 19:28
一文看懂PCA主成分分析 中介绍了PCA分析的原理和分析的意义(基本简介如下,更多见博客),今天就用数据来实际操练一下。 ( 注意 : 用了这么多年的PCA可视化竟然是错的!!! ) 在公众号后台回复 “P CA实战” ,获取测试数据。 一、PCA应用 # 加载需要用到的R包 library(psych) library(reshape2) ...
个人分类: 生物信息|3107 次阅读|没有评论
是Excel的图,不!是R的图
陈同 2019-9-16 12:01
原文章来源链接:https://brucezhaor.github.io/blog/2016/06/13/excel2ggplot/ 原文章作者:BruceZhaoR(RStats, interested in Statistics Models, Machine/Deep Learning, Data visualization, High Performance Computing ...) 作者主页:https://github.com/BruceZhaoR excel作为一个强大的统计工具,自身包含着一 ...
个人分类: 生物信息|1465 次阅读|没有评论
道友,来Rstudio里面看动画了
陈同 2019-9-16 11:52
gganimate |让你的图动起来! 这是ggplot中十分可爱的一个扩增包,目的只有一个,就是让你的图动起来!就是酱紫! gganimate 扩展了GGPLOT2实现的图形语法,包括动画描述。它通过提供一系列新的语法类来实现这一点,这些类可以添加到绘图对象中,以便自定义它应该如何随时间变化。 下面是他的参数: ...
个人分类: 生物信息|1081 次阅读|没有评论
Bioconda软件安装神器:多版本并存、环境复制、环境导出
陈同 2019-9-16 11:45
2017年生信宝典发布了 Linux学习 - 又双叒叕一个软件安装方法 ,现在根据使用经验做一些更新,主要是增加了 conda 环境的复制、导入和导出功能。最开始是为了培训时,学员更方便搭建流程引入的,现在分享出来,方便更多人使用。 Conda包管理系统 Conda是一种通用包管理系统,旨在构建和管理任何语言的任何类型的软件。 ...
个人分类: 生物信息|1532 次阅读|没有评论
用了这么多年的PCA可视化竟然是错的!!!
陈同 2019-9-16 11:36
本文启发于上周开的 单细胞转录组 课程,本次课程由资深单细胞算法研究者戴老师主讲,深入浅出,各部分分析原理从理论到应用层面解释透彻,最新流程,最新代码,绝对值得学习。课程尚未结束,我就迫不及待向一位未能安排出时间参加此课程的老友及时安利了视频课。 言归正传,介绍培训课程的一张幻灯片:很多PCA可视化结果 ...
个人分类: 生物信息|2520 次阅读|没有评论
七龙珠 |召唤一份单细胞数据库汇总
陈同 2019-9-16 11:33
每次分析自己的单细胞数据后,都让我产生无限的遐想与yy,总感觉不对劲也说不上是哪里,于是总想找别人发表的单细胞数据分析一下,第一步是检索, 检索 检索 。。。。 睡着了…… 那么,就总结一下收录有单细胞发表数据的数据库吧,可以帮助大家减少看文献的负担哈!( 如何快准狠地找到相关领域的经典文献? ) 单细胞 ...
个人分类: 生物信息|2440 次阅读|没有评论
Seurat亮点之细胞周期评分和回归
陈同 2019-9-16 11:12
斯坦福大学S atija lab 的 Seurat v3.1 guidline 于近日更新啦!其中包括许多个性化的模块,其中我个人比较感兴趣的是 Cell-Cycle Scoring and Regression 模块,因为在条件干预的情况下,部分细胞处于非稳定状态下,如增殖类细胞出现由于细胞周期相关基因的不同导致细胞聚类发生一定的偏移。 其实在许多已经发表的 ...
个人分类: 生物信息|4283 次阅读|没有评论

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