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置顶 · 学习生物信息的第二好教程
2017-7-7 08:15
生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作,但不懂得背后的原理,不知道什么参数需要修改,结果可以出 ...
个人分类: 生物信息|5393 次阅读|没有评论
蛋白质组学研究概述
热度 1 陈同 2020-2-24 22:19
作者简介:中科院遗传与发育生物学研究所中丹学院博士生张泽宇,外号 “大神”,口号 “Now you see me”。 这是其刚入学时做的一个报告。 本篇介绍下蛋白质组学,如果覆盖度深的话,应该是新时代的宠儿了。 古希腊,一个神一样的存在,不只有雅典娜,更孕育了“ome”等一批高大上的词汇。组学表示一组物质 ...
个人分类: 生物信息|1401 次阅读|1 个评论 热度 1
单细胞分析Seurat使用相关的10个问题答疑精选!
陈同 2020-2-24 22:04
NGS系列文章包括 NGS基础 、转录组分析 ( Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 )、ChIP-seq分析 ( ChIP-seq基本分析流程 )、单细胞测序分析 ( 重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述) )、GEO数据挖掘( 典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、 ...
个人分类: 生物信息|6602 次阅读|没有评论
内存小还免费,Adobe Acrobat表示有危机
陈同 2019-11-29 22:12
1. 你和PPT高手之间,就只差一个iSlide 2. 万能转换:R图和统计表转成发表级的Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量图等 3. 推荐 3 个超赞的 EXCEL 插件,让你 5 分钟从小白变大神 4. Excel绘图新高度-EasyCharts 5. 是Excel的图,不!是R的图 推荐一个关于 PDF 的实用网站,你可以在这里实现PDF格式与任何你 ...
个人分类: 生物信息|1707 次阅读|没有评论
Gut | 汤富酬研究组与付卫研究组合作揭示家族性腺瘤性息肉病的发病机制 ​
陈同 2019-11-29 22:10
结直肠癌 在全球范围内是发病率第三、致死人数第四的恶性肿瘤(Beattie et al., 2005 ; Carey, 2017; Church, 2016)。 结直肠腺瘤 是结直肠癌的癌前病变,根据组织学形态可以分为低级别腺瘤和高级别腺瘤,从低级别腺瘤到腺癌的序列发生需要10年以上时间。因此,深入解析 低级别腺瘤向腺癌转化 的分子机制对于结直肠癌的预 ...
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Celaref | 单细胞测序细胞类型注释工具
陈同 2019-11-29 22:02
我导再也不用担心我不认识marker啦 我们在进行单细胞测序的时候,通常情况下是通过 高变genes 来辨别细胞类型(于是一大堆不认识的),除了免疫细胞可能容易分析出来,其他的细胞我是两眼一抹黑。虽然具有single cell marker基因库,但在判断细胞亚型的时候有时并不是那么solid,有一些原则上比较特异的gene不知道为 ...
个人分类: 生物信息|6772 次阅读|没有评论
SCENIC | 从单细胞数据推断基因调控网络和细胞类型
陈同 2019-11-29 21:50
在2019/08/07的 Nature 刊中,中科院 景乃禾 课题组发表了文章—— Molecular architecture of lineage allocation and tissue organization in early mouse embryo ,我在这篇文章中发现了一个被汤神组 (就是 Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二)- 实验平台 中开辟了单细胞转录组领域的人)反复用到的R工具- SCENIC ...
个人分类: 生物信息|14718 次阅读|没有评论
Manuscript match— 找到最适合你文章的那个ta(之期刊杂志)
陈同 2019-11-29 21:47
写文章是个头疼的事情,写好了文章不知道投哪也是个头疼的事情。 最不费脑袋的方法是从 Cell 开始投,然后 Nature , Science , Nature Biotechnology , …, Nature communication , Science advance , Cell report , …, Bioinformatics , BMC xxx , …, PlOS one , Scientific report , …, 然后被某些公众号都 ...
个人分类: 生物信息|2435 次阅读|没有评论
R包ggseqlogo |绘制序列分析图
陈同 2019-11-29 21:34
简介 在生物信息分析中,经常会做序列分析图(sequence logo),这里的序列指的是核苷酸(DNA/RNA链中)或氨基酸(在蛋白质序列中)。sequence logo图是用来可视化一段序列某个位点的保守性,据根提供的序列组展示位点信息。常用于描述序列特征,如DNA中的蛋白质结合位点或蛋白质中的功能单元。 实现以上可视化过程的工具 ...
个人分类: 生物信息|2859 次阅读|没有评论
这个Nature推荐的代码海洋竟然有文章作者上传的所有可重现性脚本,涉及单细胞、微生物组、转录组分析、机器学习等相关
陈同 2019-11-29 21:28
可重复性研究一直是学术发表希望实现的方式,更有助于判断研究结果的准确性和帮助后人以此为基础进行深入研究。计算分析类型的研究,是能够比较容易实现可重复性的 - 只要分享代码和数据就可以 ( 当然配置运行环境也需要一定的功底 ),如使用 R markdown或Bookdown 或者 Jupyter notebook 等,像 宏基因组主编刘永 ...
个人分类: 生物信息|3109 次阅读|没有评论
iBiology |真·免费的最好生物科学知识盛宴
陈同 2019-11-29 21:23
iBiology 是可以在线互动、旨在分享生命科学领域的前沿研究报道的科普性质网站; 重点是免费的在线交互式课程和牛人talk ,视频是基于youtube播放器,因此在线播放需要科学上网,bluelight指引方向(蓝灯打钱),不过觉得麻烦的话可以手动下载视频本地观看,下载速度取决于网速 (在线的好处是可以有多语字幕,下载 ...
个人分类: 生物信息|2746 次阅读|没有评论

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