科学网—chen7qi的博文

置顶 · 学习生物信息的第二好教程

2017-7-7 08:15

生信的作用越来越大，想学的人越来越多，不管是为了以后发展，还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情，也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作，却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作，但不懂得背后的原理，不知道什么参数需要修改，结果可以出 ...

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Python语法糖之：列表解析、集合解析和字典解析

陈同 2020-3-30 21:28

☆ NGS系列文章包括 NGS基础、转录组分析（ Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 ( 重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述） ) 、DNA甲基化分析、重测序分 ...

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Bioconda软件安装神器：多版本并存、环境复制、环境导出

陈同 2020-3-30 21:27

seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 ( 重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述） ) 、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、 ...

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让你的单细胞数据动起来！|iCellR(二)

陈同 2020-3-9 21:18

前情回顾：让你的单细胞数据动起来！|iCellR(一) 在上文我们已经基本完成了聚类分析和细胞在不同条件下的比例分析，下面继续开始啦，让你看看iCellR的强大！ 1. 每个cluster的平均表达量 my.obj-clust.avg.exp(my.obj) head(my.obj@clust.avg) #ge ...

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复现原文（一）：Single-cell RNA sequencing of human kidney（step by s

陈同 2020-3-9 21:14

https://www. nature.com/articles/s41 597-019-0351-8 NGS系列文章包括 NGS基础、转录组分析（ Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 ( 重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述） )、D ...

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2019汇总之从4个关键词看单细胞与肝癌文献

陈同 2020-3-3 21:02

文献汇总 | 2019的单细胞与病毒感染在讲单细胞与肝癌之前，我们先去看一下单细胞揭示正常肝脏细胞特征的分析，该文章于2019年7月发表于 Nature ，研究团队对来自9位人类供体的正常肝脏组织中的大约10,000个细胞进行了单细胞RNA测序，以构建人类肝脏细胞图集。研究内容：研究人员使用 mCEL-Seq ...

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CIRIquant：circRNA定量和剪接体转换识别

陈同 2020-3-3 20:58

2020年1月3日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-通讯》（Nature Communications）杂志上发表题为 Accurate quantification of circular RNAs identifies extensive circular isoform switching events 的文章。该研究开发了环形RNA定量和差异表达分析的新方法： CIRIquant ...

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风湿病年鉴 | scRNA-seq研究揭示骨关节炎患者的半月板退变新机制

陈同 2020-3-3 20:56

骨关节炎（ osteoarthritis, OA ）是关节外科目前最常见的退行性疾病，其中，膝关节病变占85%。国内外流行病学显示，在60岁以上的老年人中，约40%女性和20%男性会出现膝骨性关节炎相应的不适症状。随着中国人口的老龄化，骨关节炎的发生率逐渐增加，是导致中老年人群生活质量降低，医疗费用增加，残疾率升高的主要原因之 ...

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功能强大的TCGA再分析平台

陈同 2020-3-3 20:49

TCGA是研究肿瘤相关机制的重要资源。在线数据库更新改版都比较快，使用时需要参照最新的线上数据教程。不过癌症相关的数据库操作起来也都比较类似，输入一个或多个关注的目的基因，查看基因的功能注释，基因在哪些样品中存在突变，突变位点的分布，共表达网络，生存分析等。本系列包括了 TCGA 本站中数据的浏览、下载， ...

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冻存样品对单细胞测序影响大吗？

陈同 2020-2-24 22:39

在我们做单细胞分离过程中，导师千叮咛万嘱咐说样品不能冻存，而我在一次会议论坛上有一位学者直接说冻存基本没有影响，于是，我。。。。。。母鸡。 2019年12月31日（真是抓住了2019的小尾巴！），英国Wellcome Sanger Institute研究团队于 Genome Biology 发表了题为 scRNA-seq assessment of the human lung, ...

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最新进展！单细胞数据显示ACE2在鼻腔、肾脏、睾丸均有分布！

陈同 2020-2-24 22:24

继上期发表的利用单细胞公共数据对新冠受体ACE2的研究进展后，利用单细胞研究 ACE2 在不同组织器官中的分布如火如荼的展开，下面介绍最新发表的两篇文献。 A novel coronavirus (2019-nCoV) was first identified in Wuhan, Hubei Province, and then spreads to the other Provinces of China. WHO decide ...

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