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置顶 · 学习生物信息的第二好教程
2017-7-7 08:15
生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作,但不懂得背后的原理,不知道什么参数需要修改,结果可以出 ...
个人分类: 生物信息|5196 次阅读|没有评论
Python语法糖之:列表解析、集合解析和字典解析
陈同 2020-3-30 21:28
☆ NGS系列文章包括 NGS基础 、转录组分析 ( Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 ) 、ChIP-seq分析 ( ChIP-seq基本分析流程 ) 、单细胞测序分析 ( 重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述) ) 、DNA甲基化分析、重测序分 ...
个人分类: 生物信息|842 次阅读|没有评论
Bioconda软件安装神器:多版本并存、环境复制、环境导出
陈同 2020-3-30 21:27
seq你想知道的全在这 ) 、ChIP-seq分析 ( ChIP-seq基本分析流程 ) 、单细胞测序分析 ( 重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述) ) 、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘 ( 典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、 ...
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让你的单细胞数据动起来!|iCellR(二)
陈同 2020-3-9 21:18
前情回顾: 让你的单细胞数据动起来!|iCellR(一) 在上文我们已经基本完成了 聚类分析 和细胞在不同条件下的比例分析,下面继续开始啦,让你看看iCellR的强大! 1. 每个cluster的平均表达量 my.obj-clust.avg.exp(my.obj) head(my.obj@clust.avg) #ge ...
个人分类: 生物信息|5284 次阅读|没有评论
复现原文(一):Single-cell RNA sequencing of human kidney(step by s
陈同 2020-3-9 21:14
https://www. nature.com/articles/s41 597-019-0351-8 NGS系列文章包括 NGS基础 、转录组分析 ( Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 )、ChIP-seq分析 ( ChIP-seq基本分析流程 )、单细胞测序分析 ( 重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述) )、D ...
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2019汇总之从4个关键词看单细胞与肝癌文献
陈同 2020-3-3 21:02
文献汇总 | 2019的单细胞与病毒感染 在讲单细胞与肝癌之前, 我们先去看一下单细胞揭示正常肝脏细胞特征的分析 ,该文章于2019年7月发表于 Nature ,研究团队对来自9位人类供体的正常肝脏组织中的大约10,000个细胞进行了单细胞RNA测序,以构建人类肝脏细胞图集。 研究内容 : 研究人员使用 mCEL-Seq ...
个人分类: 生物信息|2074 次阅读|没有评论
CIRIquant:circRNA定量和剪接体转换识别
陈同 2020-3-3 20:58
2020年1月3日,中国科学院北京生命科学研究院 赵方庆 团队在 《自然-通讯》 (Nature Communications)杂志上发表题为 Accurate quantification of circular RNAs identifies extensive circular isoform switching events 的文章。 该研究开发了环形RNA定量和差异表达分析的新方法: CIRIquant ...
个人分类: 生物信息|2100 次阅读|没有评论
风湿病年鉴 | scRNA-seq研究揭示骨关节炎患者的半月板退变新机制
陈同 2020-3-3 20:56
骨关节炎 ( osteoarthritis, OA )是关节外科目前最常见的退行性疾病,其中,膝关节病变占85%。国内外流行病学显示,在60岁以上的老年人中,约40%女性和20%男性会出现膝骨性关节炎相应的不适症状。随着中国人口的老龄化,骨关节炎的发生率逐渐增加,是导致中老年人群生活质量降低,医疗费用增加,残疾率升高的主要原因之 ...
个人分类: 生物信息|1107 次阅读|没有评论
功能强大的TCGA再分析平台
陈同 2020-3-3 20:49
TCGA是研究肿瘤相关机制的重要资源。在线数据库更新改版都比较快,使用时需要参照最新的线上数据教程。不过癌症相关的数据库操作起来也都比较类似,输入一个或多个关注的目的基因,查看基因的功能注释,基因在哪些样品中存在突变,突变位点的分布,共表达网络,生存分析等。 本系列包括了 TCGA 本站中数据的浏览、下载, ...
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冻存样品对单细胞测序影响大吗?
陈同 2020-2-24 22:39
在我们做单细胞分离过程中,导师千叮咛万嘱咐说样品不能冻存,而我在一次会议论坛上有一位学者直接说冻存基本没有影响,于是,我。。。。。。母鸡。 2019年12月31日(真是抓住了2019的小尾巴!),英国Wellcome Sanger Institute研究团队于 Genome Biology 发表了题为 scRNA-seq assessment of the human lung, ...
个人分类: 生物信息|2588 次阅读|没有评论
最新进展!单细胞数据显示ACE2在鼻腔、肾脏、睾丸均有分布!
陈同 2020-2-24 22:24
继上期发表的 利用单细胞公共数据对新冠受体ACE2的研究进展 后,利用单细胞研究 ACE2 在不同组织器官中的分布如火如荼的展开,下面介绍最新发表的两篇文献。 A novel coronavirus (2019-nCoV) was first identified in Wuhan, Hubei Province, and then spreads to the other Provinces of China. WHO decide ...
个人分类: 生物信息|2727 次阅读|没有评论

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