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置顶 · 学习生物信息的第二好教程
2017-7-7 08:15
生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作,但不懂得背后的原理,不知道什么参数需要修改,结果可以出 ...
个人分类: 生物信息|5394 次阅读|没有评论
一个R包玩转单细胞免疫组库分析,还能与Seurat无缝对接
陈同 2020-5-24 22:35
在介绍 clonotypr (https://github.com/mattfemia/clonotypr)包之前,我们需要先去解决几个问题: (1) 为什么要进行单细胞免疫组库的分析 ? 应用方向一:探索肿瘤免疫微环境,辅助免疫治疗。 每个人都拥有一个自己的适应性免疫组库,TCR和BCR通过基因重组和体细胞突变取得多样性,使得我们身体可以识别和抵御各 ...
个人分类: 生物信息|1805 次阅读|没有评论
这篇Nature子刊文章的蛋白组学数据PCA分析竟花费了我两天时间来重现|附全过程代码
陈同 2020-5-24 22:31
2020年4月14日,Sanger研究团队于 nature communication 在线发表了题为 Single-cell transcriptomics identifies an effectorness gradient shaping the response of CD4+ T cells to cytokines 的研究内容,作者使用蛋白质组学、bulk RNA-seq和单细胞转录组测序对人体40,000个以上的naïve and memory CD4+ T cells ...
个人分类: 生物信息|2414 次阅读|没有评论
复现nature communication PCA原图|代码分析(一)
陈同 2020-5-24 22:28
2020年4月14日,Sanger研究团队于 nature communication 在线发表了题为 Single-cell transcriptomics identifies an effectorness gradient shaping the response of CD4+ T cells to cytokines 的研究内容,作者使用蛋白质组学、bulk RNA-seq和单细胞转录组测序对人体40,000个以上的naïve and memory CD4+ T cells ...
个人分类: 生物信息|1372 次阅读|没有评论
新冠患者样本单细胞测序文献汇总
陈同 2020-5-24 22:24
其实有关新冠患者样本的单细胞文献并不太多,bug也是比较明显的,比如入组的临床指征的判断,高血压等伴随疾病的影响以及年龄本身导致的免疫差异,筛选条件的不同对最后的结果影响太大,得出相反结论也感觉正常,还有就是用药,,,取样时间。多个已知变量和未知变量的叠加对揭示真相产生重大挑战,,,可能除了限制可控条 ...
个人分类: 生物信息|2710 次阅读|没有评论
Science | 单细胞分析人类胸腺发育的细胞图谱
陈同 2020-5-24 22:15
The human thymus is the organ responsible for the maturation of many types of T cells, which are immune cells that protect us from infection. However, it is not well known how these cells develop with a full immune complement that contains the necessary variation to protect us from a variety of ...
个人分类: 生物信息|4334 次阅读|没有评论
Cell | 小鼠内皮细胞单细胞转录组图谱(详解)
热度 1 陈同 2020-5-24 22:08
2020年2月13日,比利时Leuven癌症研究所Peter Carmeliet、中山大学李旭日和丹麦Aarhus大学的Yonglun Luo合作于 Cell 发表了题为 Single-Cell Transcriptome Atlas of Murine Endothelial Cells 的文章,研究团队利用单细胞转录组技术分析了小鼠11个组织的内皮细胞,收集得到超过32000个单细胞转录组数据集,鉴定出78个内皮 ...
个人分类: 生物信息|7233 次阅读|1 个评论 热度 1
单细胞RNA-seq预处理工具比较分析(bioRxiv)
陈同 2020-5-24 22:01
2020年2月2日, 苏黎世大学Mark Robinson 团队在预印本bioRxiv上发表题为 pipeComp, a general framework for the evaluation of computational pipelines, reveals performant single-cell RNA-seq preprocessing tools 的研究内容,并建立了一个评估框架 pipeComp ,评估包括过滤、doublet检测、标准 ...
个人分类: 生物信息|2365 次阅读|没有评论
NBT:单细胞转录组新降维可视化方法PHATE
陈同 2020-5-24 21:51
2019年12月3日,美国耶鲁大学Smita发表题为 Visualizing structure and transitions in high-dimensional biological data 的研究内容,提出PHATE( https://github.com/KrishnaswamyLab/phateR ),一种降维可视化方法,使用数据点之间的几何距离信息(即:样品表达谱之间的距离)来捕获局部和全局非线性结构。 PHAT ...
个人分类: 生物信息|1950 次阅读|没有评论
为什么GEO2R/GEOquery的结果可能是错的?
陈同 2020-4-20 11:01
前言 NGS系列文章包括 NGS基础 、转录组分析 ( Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 )、ChIP-seq分析 ( ChIP-seq基本分析流程 )、单细胞测序分析 ( 重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述) )、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘( 典型医学设计实验GEO数据分析 ...
个人分类: 生物信息|1694 次阅读|没有评论
RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq,你想知道的都在这(续)
陈同 2020-4-20 10:56
前言 NGS系列文章包括 NGS基础 、转录组分析 ( Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 )、ChIP-seq分析 ( ChIP-seq基本分析流程 )、单细胞测序分析 ( 重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述) )、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘( 典型医学设计实验GEO数据分析 ...
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