科学网—chen7qi的博文

置顶 · 学习生物信息的第二好教程

2017-7-7 08:15

生信的作用越来越大，想学的人越来越多，不管是为了以后发展，还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情，也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作，却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作，但不懂得背后的原理，不知道什么参数需要修改，结果可以出 ...

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Seurat的单细胞免疫组库分析来了！

陈同 2020-7-9 13:52

小剧场：我：老板，你听说没有楼上做的单细胞实验加了VDJ分析？老板：VCD分析？哦，，我早就听过了！我：老板，是VDJ分析？老板：VDJ分析，哦对对就是VDJ分析，，，我早就说咱们也应该做了，你看看，又迟了一步，都怪你不提醒我！我瞟了一眼她桌子上的淘宝页面（廉价灯芯裤），默默走开了。。。其实我在介绍 c ...

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复现Cell附图 |类器官的单细胞分析

陈同 2020-7-9 13:47

大家好！我们又见面啦！今儿带领大家复现一个小图。这篇文章发表于2020年4月24日的 Cell 主刊，题为 Inhibition of SARS-CoV-2 Infections in Engineered Human Tissues Using Clinical-Grade Soluble Human ACE2 ，其中作者利用类器官的单细胞分析为整个文章做到了锦上添花！这篇文章发表前，已经有研究报道 ...

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图形解读系列 | 给你5个示例，你能看懂常用热图使用吗？

陈同 2020-7-9 13:44

图形解读的一般原则：从图的基本构造入手，拆解图的横轴代表什么、纵轴代表什么、几何对象如点、线、柱代表什么和对象的属性如颜色大小代表什么，理解了各个部分，再整体解读图中的差异。热图是一种很常见的图，其基本原则是用颜色代表数字，让数据呈现更直观、对比更明显。常用来表示不同样品组代表性基因的表达差 ...

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听哈佛大神讲怎么做单细胞转录组GSEA分析

陈同 2020-7-9 13:39

小剧场：记得有一天，我正准备兴匆匆的给我的单细胞亚群间的差异基因跑个GO富集分析的时候，我的小老板迈着她那猥琐的步伐悄悄的跑到我身后，愣了一阵儿，说：“小虎子，怎么还跑GO啊，都过时了！现在都跑GSEA!” 我睁开我蒙昧的小眼睛：“老师，啥叫GSEA啊？” 老师愣了一下，“这么简单都不会，自己查查去”。。。。 ...

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一个R包完成单细胞基因集富集分析（全代码）

陈同 2020-7-9 13:37

singleseqgset是用于单细胞RNA-seq数据的基因集富集分析的软件包。它使用简单的基础统计量（ variance inflated Wilcoxon 秩和检验）来确定不同cluster中感兴趣的基因集的富集。 Installation library(devtools) install_github(arc85/singleseqgset) library(singleseqgset) Introduction 基因集富集分析是一 ...

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翻车实录之Nature Medicine新冠单细胞文献|附全代码

陈同 2020-5-25 20:57

大家好！我们又见面了，嘻嘻，今天我们来复现一篇于2020年5月12日深圳第三人民医院发表于 nature medicine 的新冠单细胞文献，这篇文章不久前我其实解读过，那时还在预印本medrxiv上，题为 The landscape of lung bronchoalveolar immune cells in COVID-19 revealed by single-cell RNA sequencing ，而发表在NM上的题目 ...

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整合基因组学和蛋白质结构的致病机制分析

陈同 2020-5-25 20:50

作者：毛勇在单基因疾病研究中，对致病突变的发现和论证是最核心的工作。一般而言，大部分的文章仅仅局限于 “样本-测序-信息分析-致病突变发现” 之模式。相对于这种以样本和测序为核心的工作， “样本-测序-信息分析-致病突变发现-整合公共数据库挖掘突变和表型关系” 的模式则在一定程度上可以增加文章的广度和深 ...

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这个R包自动注释单细胞数据的平均准确率为83％，使用后我的结果出现了点问题|附全代码

陈同 2020-5-25 20:49

估计大家都有一个这样的感觉就是单细胞数据具有一定的数据依赖性，好多的marker在相同的组织中，别人的数据就表达的十分明显，在你的数据中就是不太显著，比如NK细胞的 KLRF1 。于是，细胞自动注释也就应运而生了，其实已经有很多的细胞注释的R包，比如SingleR，Cellassign（ cellassign：用于肿瘤微环境分析的单细胞注释 ...

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嗐，别的95后一天两登Nature，你却还不知道有一款工具可以帮你校对英文文稿和回复审稿意见

陈同 2020-5-24 22:42

前不久有一篇新闻刷屏，“95后天才少年一天两登Nature”：伦敦时间5月6日，24岁的曹原与其博导 Pablo Jarillo-Herrero 背靠背连发两篇 Nature 文章，介绍魔角石墨烯研究的新突破。除此之外，曹原曾在2018年因发现让石墨烯实现超导的方法而被誉为“石墨烯的驾驭者”。他还登上了2018年Nature年度人物榜，并被一些报道称为“ ...

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iBiology |除了B站，这还有个专业的生科科普网站

陈同 2020-5-24 22:40

劈个叉：B站上科普向的视频和UP主灿若繁星。作为一名资深潜水员，生信宝典在2018年入驻B站并且分享了一些绘图和网站教程，后续也将陆续上传其他视频内容，感兴趣的读者不妨关注了解一下。 iBiology 是可以在线互动、旨在分享生命科学领域的前沿研究报道的科普性质网站；重点是免费的在线交互式课程和牛人talk ， ...

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