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生物信息|
置顶 · 学习生物信息的第二好教程
2017-7-7 08:15
生信的作用越来越大，想学的人越来越多，不管是为了以后发展，还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情，也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作，却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作，但不懂得背后的原理，不知道什么参数需要修改，结果可以出 ...
个人分类: 生物信息|6577 次阅读|没有评论
参考文献中杂志名字问题
陈同 2018-4-29 01:22
Endnote在获取参考文献时由于来源不同，捕获的杂志名称格式也不同，有时为全称，有时为不加点的缩写，有时为加点的缩写，这在引用时会造成一些麻烦，使得论文中参考文献来源的杂志名字不统一。而这一点，不能单纯的通过修改 Endnote-output style 来解决。一个方法是论文定稿后，手工一个个修改，这个比较费力，而 ...
个人分类: 生物信息|3993 次阅读|没有评论
生物信息之程序学习
陈同 2018-4-29 01:21
作为本科学生物，后来转行生物信息的人，经常会被人问起，为啥学习生物信息了呢？这背后通常会带着一些困惑，生物信息分析好不好学？ 我读书的时候，实验室纯计算机出身的人员只占很小比例，更多的是大学期间学生物的；特别的，有个做的挺好的师兄，本科是商科出身。从这来看，像我这样本科学生物转行生物信息还 ...
个人分类: 生物信息|1890 次阅读|没有评论
Linux学习教程
陈同 2018-4-29 01:20
Jump to... 本教程宗旨 (请仔细阅读) 为什么要用Linux系统 如何获取Linux系统 初识Linux系统 我的电脑在哪？ 获取可用命令行参数 文件上下翻转和左右翻转 其它新建文件的方式 Linux下文件操作 Linux下命令的一些异常情况 Linux下文件内容操作 Linux ...
个人分类: 生物信息|3168 次阅读|没有评论
本地使用Rfam 12.0+
陈同 2018-4-29 01:18
Jump to... 下载infernal软件 下载数据库 确定待查询的核苷酸序列或基因组的大小，作为后续命令的参数 使用cmscan程序注释基因组的ncRNAs 结果解释 my-genome.cmscan my-genome.tblout 结果解析 Reference 生信宝典，学的更多 Rfam 是用来鉴定non-codi ...
个人分类: 生物信息|2860 次阅读|没有评论
Ngs File Type Transfer
陈同 2018-4-29 01:17
二代测序文件类型和格式转换 CHENTONG 版权声明：本文为博主原创文章，转载请注明出处。 http://blog.genesino.com/2017/06/NGS-file-type-transfer/
个人分类: 生物信息|1802 次阅读|没有评论
R 学习
陈同 2018-4-29 01:16
Jump to... Rstudio基础 Rstudio 界面 Rstudio中新建或打开文件 R安装 Rstudio安装 Rstudio版本 Rstudio安装 Rstudio 使用 Reference 生信宝典，一起换个角度学生信 Rstudio基础 R语言是比较常用的统计分析和绘图语言，拥有强大的统计库、绘图库 ...
个人分类: 生物信息|2010 次阅读|没有评论
R 学习矩阵操作
陈同 2018-4-29 01:14
Jump to... R基础概念和困惑点 获取帮助文档，查看命令或函数的使用方法、事例或适用范围 R中的变量 R中矩阵运算 R中矩阵筛选合并 str的应用 R的包管理 R的交互式运行 R基本语法 生信宝典，一起换个角度学生信 R基础概念和困惑点 插播一点R的基础概念和 ...
个人分类: 生物信息|2128 次阅读|没有评论
R统计绘图 - 热图美化
陈同 2018-4-28 23:07
R统计绘图 - 热图美化 Jump to... 热图美化 对数转换 Z-score转换 抹去异常值 非线性颜色 调整行或列的顺序 生信宝典，一起换个角度学生信 热图美化 上一期的绘图命令中，最后一行的操作抹去了之前设定的横轴标记的旋转，最后出来的图比较难看。 上次我们是这 ...
个人分类: 生物信息|3020 次阅读|没有评论
R统计绘图 - 热图
陈同 2018-4-28 23:05
R统计绘图 - 热图 Jump to... 热图绘制 生成测试数据 转换数据格式 分解绘图 图形存储 生信宝典，一起换个角度学生信 热图绘制 热图是做分析时常用的展示方式，简单、直观、清晰。可以用来显示基因在不同样品中表达的高低、表观修饰水平的高低等。任何一个数值矩阵 ...
个人分类: 生物信息|4259 次阅读|没有评论
R统计绘图 - 热图简化
陈同 2018-4-28 22:53
R统计绘图 - 热图简化 Jump to... 热图绘制 - pheatmap 不改脚本的热图绘制 生信宝典，一起换个角度学生信 热图绘制 - pheatmap 绘制热图除了使用 ggplot2 ，还可以有其它的包或函数，比如 pheatmap::pheatmap (pheatmap包中的pheatmap函数)、 gplots::heatmap.2 等。 相比 ...
个人分类: 生物信息|4601 次阅读|没有评论
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