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置顶 · 学习生物信息的第二好教程
2017-7-7 08:15
生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作,但不懂得背后的原理,不知道什么参数需要修改,结果可以出 ...
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DESeq2差异基因分析和批次效应移除
陈同 2018-7-26 16:10
DESeq2差异基因分析和批次效应移除 差异基因鉴定 基因表达标准化 不同样品的测序量会有差异,最简单的标准化方式是计算 counts per million (CPM) ,即原始 reads count 除以总reads数乘以1,000,000。 这种计算方式的缺点是容易受到极高表达且在不同样品中存在差异表达的基因的影响;这些基因的打开或 ...
个人分类: 生物信息|8853 次阅读|没有评论
蛋白质组学研究概述
陈同 2018-7-22 14:28
本篇介绍下蛋白质组学,如果价格便宜的话,应该是新时代的宠儿了。 古希腊,一个神一样的存在,不只有雅典娜,更孕育了“ome”等一批高大上的词汇。组学表示一组物质整体的表现。蛋白质组学表示特定系统内蛋白质集合的研究。 蛋白质组学有基于二维凝胶分离 (2D-Gel)和质谱鉴定技术。 2D-Gel根据蛋白的 ...
个人分类: 生物信息|7706 次阅读|没有评论
生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得—限时免费
陈同 2018-7-22 14:22
海哥,中国科学院遗传与发育生物学研究所,生物信息学博士。在生信宝典出品过多部“傻瓜式”教程。 生信宝典之傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列 生信宝典之傻瓜式 (二) 如何快速查找指定基因的调控网络 生信宝典之傻瓜式 (三) 我的基因在哪里发光 - 如何查找基因在发表研究中的表达 生信宝典 ...
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肿瘤化疗无效是对预先存在还是诱发的新突变,Cell给你答案
陈同 2018-7-12 20:08
肿瘤化疗无效是对预先存在的突变的选择还是诱发新突变,Cell给你答案 三阴乳腺癌(TNBC)是乳腺癌的一种侵袭性亚型,常对化疗产生耐药性。而耐药性的产生到底是 之前存在的稀有突变细胞受到选择 还是 新基因突变 导致的,仍是一个谜团。 为研究该问题,Charissa Kim等人利用混合细胞外显子测序以及单细胞DNA和RN ...
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NGS基础:测序原始数据下载
陈同 2018-7-12 20:06
NGS基础:测序原始数据下载 生物或医学中涉及高通量测序的论文,一般会将原始测序数据上传到公开的数据库,上传方式见 测序文章数据上传找哪里 ;并在文章末尾标明数据存储位置和登录号,如 The data from this study was deposited in NCBI Sequence Read Archive under accession SRA: SRP114962. 。 NCB ...
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基因组浏览器使用 (EPGG)
陈同 2018-7-12 20:05
基因组浏览器使用 (EPGG) 基因组浏览器是高通量测序分析的一个重要的可视化工具。相比于最终提供的表格,基因组浏览器可以提供更多的信息,如直观展示突变位点、查看有无新转录本或新的可变剪接形式、查看peak的可信度、上下游基因、区域保守性、重复元件、蛋白结合motif等。 我们前面有 测序数据可视化 列举了4 ...
个人分类: 生物信息|2921 次阅读|没有评论
高颜值可定制在线作图平台
陈同 2018-5-4 20:21
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个人分类: 生物信息|2661 次阅读|没有评论
Bookdown平台分享了哪些书籍,如何使用Bookdown分享书籍
陈同 2018-4-29 01:24
Jump to... 基本使用 安装必须软件 Demo示例 编译成书 Customize our bookdown _bookdown.yml _output.yml 基本规则 插入并引用图片(外部图片) 插入并引用表格(外部表格) 插入并引用表格(内部表格) 插入脚注 插入引文 准备Rmd文件 ...
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