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置顶 · 学习生物信息的第二好教程
2017-7-7 08:15
生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作,但不懂得背后的原理,不知道什么参数需要修改,结果可以出 ...
个人分类: 生物信息|5391 次阅读|没有评论
免费Linux系统和生信宝典原创学习教程
陈同 2018-9-26 10:54
生物信息的学习离不开Linux系统,不管自己写命令处理数据,还是使用现有的工具。Linux对我们来讲最重要的是它强大的命令行功能,可以快速、批量、灵活的处理数据的提取、统计和整理等耗时耗力的重复性工作。事实上在日常生信分析中,多数整理工作也都是用Linux命令的组合完成的,相比于写完整的Python或Perl程序更简便快捷 ...
个人分类: 生物信息|2056 次阅读|没有评论
2018 Cell系列相变最强综述,未来已来,你在哪?
陈同 2018-8-31 10:29
导读 Trends in Cell Biology (Cell系列综述, 2018 IF: 18.564)于2018年6月1日在线发表了Steven Boeynaems(PhD Biomedical sciences, Stanford University School of Medicine, 一作兼通讯)撰写的关于蛋白质相位分离综述一文《Protein Phase Separation: A New Phase in Cell Biology》。蛋白质相变做为 ...
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2018 Cell系列相变最强综述,未来已来,你在哪
陈同 2018-8-31 09:22
Jump to... 导读 摘要 Highlights 名词解释 1 介绍 2 无膜细胞器通过相位分离形成 3 体内外蛋白质相位分离的分子决定因素 4 无膜细胞器的物质形态:液体,水凝胶,团簇 5 特异性的产生与维持 6 时空调节 7 疾病、病理及衰老 8 通向新的治疗途径 ...
个人分类: 生物信息|13165 次阅读|没有评论
SOM基因表达聚类分析初探
陈同 2018-8-17 10:40
上周的 暑期生信黑马培训 有老师提出要做SOM分析,最后卡在 code plot 只能出 segment plot 却出不来 line plot 。查了下,没看到解决方案。今天看了下源码,设置了一个参数,得到 趋势图 。也顺便学习了SOM分析的整个过程,整理下来,以备以后用到。 SOM分析基本理论 SOM (Self-Organizing Feature Map,自组织特征图)是 ...
个人分类: 生物信息|5339 次阅读|没有评论
2018升级版Motif数据库Jaspar
陈同 2018-8-2 10:39
R包ggseqlogo 绘制seq logo图 和 Seq logo 在线绘制工具–Weblogo 介绍了如何用R脚本和在线工具绘制seq logo图,用于展现转录因子或修饰酶等结合序列的偏好性。 JASPAR数据库 (http://jaspar.genereg.net/) 提供了转录因子与DNA结合位点motif最全面的公开数据,共收集了脊椎动物、植物、昆虫、线虫、真菌和尾索 ...
个人分类: 生物信息|5777 次阅读|没有评论
可视化文章集锦
陈同 2018-7-31 10:24
可视化套路、配色和编辑 学术图表的基本配色方法 数据可视化基本套路总结 史上最全的图表色彩运用原理 论文图表基本规范 文章用图的修改和排版 (1) 文章用图的修改和排版 (2) 在线绘图和插件 简单强大的在线绘图 简单强大的在线绘图-升级版 你和PPT ...
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