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置顶 · 学习生物信息的第二好教程
2017-7-7 08:15
生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作,但不懂得背后的原理,不知道什么参数需要修改,结果可以出 ...
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Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一)
陈同 2019-4-22 17:04
在 别人的电子书,你的电子书,都在bookdown 一文中推荐过这一篇教程(https://hemberg-lab.github.io/scRNA.seq.course),从2016年一直更新到2018年,是入门单细胞分析的十分适合的文档。为了进一步促进学习,生信宝典申请并组织翻译这篇教程,将在公众号陆续推出。最后会有整合版以网页和PDF格式发布于易生信平台。 关于 ...
个人分类: 生物信息|3375 次阅读|没有评论
本地安装UCSC基因组浏览器
陈同 2019-2-25 19:15
UCSC基因组浏览器在大规模高通量数据的可视化和比较分析研究中发挥着重要的作用。拥有了本地浏览器,就可以对自己的测序数据进行更深入的分析和共享使用。 本文详细介绍了如何一步步在本地安装、配置、高级使用UCSC浏览器。其详细介绍见 测序数据可视化 (三) - UCSC genomebrowser 安装UCSC浏览器 1. 安装mysq ...
个人分类: 生物信息|2592 次阅读|没有评论
Excel改变了你的基因名,30% 相关Nature文章受影响,NCBI也受波及
陈同 2018-12-7 10:17
EXCEL是常用的查看表格的工具,提供了很好的数据筛选、绘图等功能,不少基因表达数据也会在EXCEL中打开查看、筛选和排序。还有 3 个超赞的 EXCEL 插件,让你 5 分钟从小白变大神 。 但是EXCEL也会出现比较尴尬的事情,如基因名字的转换。比如gene symbols SEPT2 (Septin 2)、 MARCH1 , Oct4 (Po ...
个人分类: 生物信息|2737 次阅读|没有评论
12个ggplot2扩展包帮你实现更强大的可视化
陈同 2018-12-7 10:13
ggplot2自从2007年推出以来,成为世界范围内下载最频繁、使用最广泛的R包之一。许多人包括ggplot2的创建人Hadley Wickham将这一成功归功于ggplot2背后的哲学。这个软件包的灵感来源于Leland Wilkinson编写的《图形语法》一书,在此书中将graphs 分解成scales和layers,并将原始数据与表现形式分离开。 具体使用可见下面简 ...
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整合QC质控结果的利器——MultiQC
陈同 2018-12-7 09:49
一、MultiQC介绍 NGS技术 的进步催生了新的实验设计、分析类型和极高通量测序数据的生成。对于这些数据的质量评估,每一步分析结果的评估是后续结果可信度的衡量和保障。不少生信工具都可以给样品生成一个评估结果,如 FastQC 、 Qualimap 和 RSeQC 等 ( 39个转录组分析工具,120种组合评估 )。但是这时又出现了 ...
个人分类: 生物信息|2922 次阅读|没有评论
生物信息学数据库分类概览 (第一版)
陈同 2018-12-7 09:47
生物与计算机的结合让生物进入大数据时代,为方便管理各种生物数据,科学家们开发了各式各样的生物数据库。了解与自己研究领域相关的数据库,并加以利用可能会使研究工作得到事半功倍的效果。在此将常用数据库按照以下分类方式大致整理了一下,方便检索。 分类不准或有遗漏的欢迎指出,后续将不断推出更新版本。 目录 ...
个人分类: 生物信息|7693 次阅读|没有评论

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