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置顶 · 学习生物信息的第二好教程
2017-7-7 08:15
生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作,但不懂得背后的原理,不知道什么参数需要修改,结果可以出 ...
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Cell|严景华/齐建勋首次发现新冠病毒进入细胞的详细分子细节
陈同 2020-4-17 19:46
由于新病例的迅速增加,2019年冠状病毒病(COVID-19)很快引起了全球关注。新型冠状病毒感染被认为是从动物传播的,到2020年1月,怀疑最初受感染的患者是通过人与人之间的传播感染了该病毒。截至2020年4月2日,全球报告了 854,640 例确诊的COVID-19和 43,938 例死亡人数。这些数字每天都会更新,而且预计还会进一步增加。 ...
个人分类: 生物信息|2075 次阅读|没有评论
如果不是没有钱,谁想测3个重复?
陈同 2020-4-17 19:44
这篇文章上次发出后,有朋友留言说到底要测几个重复?其实也没有定论,有钱多多益善。只是需要知道 重复少时,发现的差异基因会有不少假阴性,获得不了结果时,可尝试加测一些,可获得更稳定的结果。 重复少时,抽样随机性大。如下图随机抽取 2 个生物重复获得的差异基因数目最多时是最少时的5倍以上;随机抽取3 ...
个人分类: 生物信息|1220 次阅读|没有评论
软件安装不上,可能是网速慢!Conda/R/pip/brew等国内镜像大全拿走不谢~~
陈同 2020-3-30 21:30
NGS系列文章包括 NGS基础 、转录组分析 ( Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 ) 、ChIP-seq分析 ( ChIP-seq基本分析流程 ) 、单细胞测序分析 ( 重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述) ) 、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数 ...
个人分类: 生物信息|2340 次阅读|没有评论
Python语法糖之:列表解析、集合解析和字典解析
陈同 2020-3-30 21:28
☆ NGS系列文章包括 NGS基础 、转录组分析 ( Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 ) 、ChIP-seq分析 ( ChIP-seq基本分析流程 ) 、单细胞测序分析 ( 重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述) ) 、DNA甲基化分析、重测序分 ...
个人分类: 生物信息|1481 次阅读|没有评论
Bioconda软件安装神器:多版本并存、环境复制、环境导出
陈同 2020-3-30 21:27
seq你想知道的全在这 ) 、ChIP-seq分析 ( ChIP-seq基本分析流程 ) 、单细胞测序分析 ( 重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述) ) 、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘 ( 典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、 ...
个人分类: 生物信息|1611 次阅读|没有评论
有了这些,文件批量重命名还需要求助其它工具吗?
陈同 2020-3-30 21:22
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只需一行代码,完美呈现Markdown格式,写作展示两不误
陈同 2020-3-30 21:14
写作排版必备 NGS系列文章包括 NGS基础 、转录组分析( Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 )、ChIP-seq分析( ChIP-seq基本分析流程 )、单细胞测序分析( 重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述) )、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘( 典型 ...
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转录组测序多少生物重复合适?2个?3个?48个?
陈同 2020-3-30 21:11
2016年英国邓迪大学的Geoffrey J Barton教授在RNA发表一篇文章专门评估这一问题。作者对野生型和 snf2 突变型酵母样品分别测序了 48 个生物学重复;质控后,野生型样品保留 42 个生物学重复,突变型样品剩余 44 个生物学重复。 在控制假阳性率为 0.05 的标准下,用所有可用生物重复计算出的差异基因定义为该差异基因鉴定 ...
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遗传所屠强研究组开发Decode-seq方法显著提高差异表达基因分析的准确性
陈同 2020-3-30 21:08
转录组分析的正确姿势(第三版) 前言 NGS系列文章包括 NGS基础 、转录组分析 ( Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 )、ChIP-seq分析 ( ChIP-seq基本分析流程 )、单细胞测序分析 ( 重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述) )、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖 ...
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PATH和path,傻傻分不清
陈同 2020-3-11 11:12
习惯了Windows电脑下的所见即所得,找到程序或文件双击即可运行或打开;于是我们被惯得以为电脑会像人一样聪明,给他一个名字就可以运行程序或打开文件;于是在命令行下或程序里不断碰壁,为啥这个命令不运行了呢? 我们不能太高估电脑(或操作系统),不要以为只要输入一个程序名或文件名,电脑(或操作系统)就可以满硬 ...
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