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置顶 · 学习生物信息的第二好教程
2017-7-7 08:15
生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作,但不懂得背后的原理,不知道什么参数需要修改,结果可以出 ...
个人分类: 生物信息|6523 次阅读|没有评论
如何使用Bioconductor进行单细胞分析?
陈同 2020-2-24 22:54
最近的技术进步使得能够在单个细胞中分析全基因组特征。但是,单细胞数据为分析提出了独特的挑战,需要开发专用的方法和数据架构才能成功解析数据背后的生物问题。Bioconductor项目托管了社区开发的开源R包以满足这些分析需求。我们为潜在用户提供了单细胞方法的概述和在线图书,内容涵盖最先进的计算方法、标准化的 ...
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重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述)
陈同 2020-2-24 22:51
原文链接 : https://www. embopress.org/doi/10.15 252/msb.20188746 主编评语 这篇文章最好的地方不只在于推荐了工具,提供了一套分析流程,更在于详细介绍了有哪些方法可用、什么时候用哪些方法和有什么注意事项。这也是我们易生信培训过程中广泛讨论的问题。 Abstract 单细胞RNA-seq使研 ...
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ChIP-seq基本分析流程
陈同 2020-2-24 22:45
前年在中科院做培训时,整理了一套ChIP-seq分析流程,截选实战部分,略作修改,分享出来,希望大家指正。 那次培训内容比较杂,还有关于TCGA、ICGC、ProteinAtlas等数据库的使用, 前面已经分享过,链接如下: UCSC XENA - 集大成者(TCGA, ICGC) ICGC数据库使用 TCGA数据库在线使用 下面步入正题,这套 ...
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冻存样品对单细胞测序影响大吗?
陈同 2020-2-24 22:39
在我们做单细胞分离过程中,导师千叮咛万嘱咐说样品不能冻存,而我在一次会议论坛上有一位学者直接说冻存基本没有影响,于是,我。。。。。。母鸡。 2019年12月31日(真是抓住了2019的小尾巴!),英国Wellcome Sanger Institute研究团队于 Genome Biology 发表了题为 scRNA-seq assessment of the human lung, ...
个人分类: 生物信息|4238 次阅读|没有评论
哇!单细胞测序-配体受体互作分析原来可以这么简单又高大上!
陈同 2020-2-24 22:35
NGS系列文章包括 NGS基础 、转录组分析 ( Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 )、ChIP-seq分析 ( ChIP-seq基本分析流程 )、单细胞测序分析 ( 重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述) )、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘( 典型医学设计实验GEO数据分析 (step ...
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这也太简单了吧!一个函数完成数据相关性热图计算和展示
陈同 2020-2-24 22:31
在进行基因分析中,我们时常会对样本或基因之间的相关性进行分析,虽然R语言中的 cor 函数可以进行计算,但并没有提供合适的可视化方法,今天我们介绍一个R包- ggcorr ( https:// briatte.github.io/ggcor r/ ),可以对数据的相关性分析进行可视化。 安装 ggcorr 可通过 GGally 包进行安装: #有两种安装方式 ...
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最新进展!单细胞数据显示ACE2在鼻腔、肾脏、睾丸均有分布!
陈同 2020-2-24 22:24
继上期发表的 利用单细胞公共数据对新冠受体ACE2的研究进展 后,利用单细胞研究 ACE2 在不同组织器官中的分布如火如荼的展开,下面介绍最新发表的两篇文献。 A novel coronavirus (2019-nCoV) was first identified in Wuhan, Hubei Province, and then spreads to the other Provinces of China. WHO decide ...
个人分类: 生物信息|5546 次阅读|没有评论
蛋白质组学研究概述
热度 1 陈同 2020-2-24 22:19
作者简介:中科院遗传与发育生物学研究所中丹学院博士生张泽宇,外号 “大神”,口号 “Now you see me”。 这是其刚入学时做的一个报告。 本篇介绍下蛋白质组学,如果覆盖度深的话,应该是新时代的宠儿了。 古希腊,一个神一样的存在,不只有雅典娜,更孕育了“ome”等一批高大上的词汇。组学表示一组物质 ...
个人分类: 生物信息|2963 次阅读|1 个评论 热度 1
一网打进Linux下那些查找命令
陈同 2020-2-24 22:10
查找是我们每天都在做的事情,早上醒来找下手机,出门之前查下公交,坐下之后查下资料,分析数据查下模式。 查找文件,查找信息,查找错误是应用起来更为具体的一些工作,而Linux命令行为我们提供了很多快捷强大的查找方式。 命令/可执行程序查找 whereis program_name : 会在系统默认安装目录(一般是有root权限时默认 ...
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单细胞分析Seurat使用相关的10个问题答疑精选!
陈同 2020-2-24 22:04
NGS系列文章包括 NGS基础 、转录组分析 ( Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 )、ChIP-seq分析 ( ChIP-seq基本分析流程 )、单细胞测序分析 ( 重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述) )、GEO数据挖掘( 典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、 ...
个人分类: 生物信息|9116 次阅读|没有评论

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