前言

NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析 （Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 （原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集）等内容。

在准备GEO/TCGA培训时，因为部分数据来自NCBI GEO数据库，就系统梳理了GEO数据库的结构和存储方式，顺便也看了GEO2R的使用。然后就发现了一个问题，可能直接使用GEO2R的分析结果是错误的。

原因见下图 （官网介绍截图）

而GEO2R的R代码使用的是GEOquery获取GSEMatrix，所以如果我们自己写代码这样获取非原始数据时，也有可能得到的数据是不可比的。

所以，还是建议使用工具或命令之前，好好读一下帮助文档，做到心中有数，知其所以然。如果能基于原始数据进行分析，可以做更多的质控和更深入的比较。如果不能，分析之前看下数据的分布是否均一 (median-centered)。

所以生信宝典的原理类文章，值得好好阅读。

• 典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集

• 典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - 数据获取到标准化

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从课件中截取GEO简介部分分享如下 ：