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ASReml| R| breedR| python| 数量遗传学| Echidna|

置顶 · 提供数据分析服务-本帖长期有效（5月更新）: 2019-5-30 16:01; 本人从事林业统计分析，主编R与ASReml软件的教材2部，主译学术专著1部。熟悉植物遗传评估，擅长R软件与ASReml软件。熟悉R编程，包括常见的基础统计（方差分析、协方差分析、t检验等）和高级统计（主成分分析、聚类分析、判别分析等）；同时，也善于使用R软件进行图形的绘制，包括高级程序包ggplot2和lattice；此外，本 ...; 个人分类: R|3370 次阅读|没有评论

AFEchidna包的在线安装: 林元震 2021-9-7 14:33; AFEchidna包现已传到GitHub网，感兴趣的读者们，可以通过下述代码进行在线安装： remotes::install_github('yzhlinscau/AFEchidna') 成功安装后，可以使用下述代码进行依赖包的自动检测和安装： AFEchidna::checkPack(); 个人分类: Echidna|1401 次阅读|没有评论

AFEchidna示例14--添加权重变量: 林元震 2021-8-25 09:47; AFEchidna包可以给因变量添加权重变量，简单示例如下： res21-echidna(h3~1+Rep, weights='h1', random=~Fam, es0.file=f ...; 个人分类: Echidna|1341 次阅读|没有评论

《ASReml-R统计学》中ASReml代码转用AFEchidna代码 -- part 1: 林元震 2021-8-12 21:56; -10.4.2.1 单性状原书ASReml代码： // asreml style fm - asreml( h5 ~ 1 + Rep, random = ~ Fam , data = df, subset ...; 个人分类: Echidna|1698 次阅读|没有评论

AFEchidna示例12--非正态分布变量的多性状模型: 林元震 2021-8-11 22:27; AFEchidna包可以运行1个或多个非正态分布变量的多性状模型，简单示例如下： - 仅1个非正态分布变量单性状： res11-echidna(es0.file=dfm2.es0, fixed=dis~1+Rep, random=~Mum, &nb ...; 个人分类: Echidna|1429 次阅读|没有评论

AFEchidna示例11--批量进行计算基因组关系矩阵和运行Gblup分析: 林元震 2021-7-3 20:47; 更好的示范请见链接： https://blog.csdn.net/yzhlinscau/article/details/118444615 AFEchidna包可以批量进行计算基因组关系矩阵，简单示例如下： library(AFEchidna) setwd(D:/Rdata) G.marker-read.csv(file=G.marker.csv,header=T) G.ped-read. ...; 个人分类: Echidna|1595 次阅读|没有评论

AFEchidna包免费对外开放: 林元震 2021-7-1 18:25; 关于AFEchidna包的介绍，可点击下述链接查看DOI:10.13140/RG.2.2.17100.54404 link AFEchidna包免费对外开放，仅用于学术研究，不可用于商业研究，否则造成的后果自负。感兴趣者，可发邮件到yzhlinscau@163.com免费索取程序包。; 个人分类: Echidna|1274 次阅读|1 个评论

AFEchidna示例8--分析阈性状: 林元震 2021-3-16 17:01; 阈性状 (threshold trait )：性状数值达到某一特定值时表现为正常，达不到则为不正常，如血压，血糖含量、生物的抗病力等，在数据方面以0、1表示，属于二元数据分布。ASReml也可以轻松应付阈性状，通过trait.mod参数选择binomial函数来分析。注：trait.mod参数将来会替代为family参数。简单示例： res-echidna ...; 个人分类: Echidna|1689 次阅读|没有评论

AFEchidna包的简单示例7--模型比较: 林元震 2021-3-2 19:07; model.comp()用于多个模型的比较，用法如下： model.comp(...,LRT=FALSE,boundary = TRUE) 其中，…为esR运行结果，LRT为是否进行LRT检验；简单示例如下： m1-echidna(es0.file=fm.es0, fixed=h3~1+Rep,random=~Fam) m2-echidna(es0.file= ...; 个人分类: Echidna|1359 次阅读|没有评论

AFEchidna包的简单示例2--单变量的批量分析: 林元震 2021-3-2 18:42; 其用法如下： echidna(es0.file,trait,fixed,random,residual, delf,foldN,mulT,mulN, met,cycle, batch,batc ...; 个人分类: Echidna|1289 次阅读|没有评论

AFEchidna包的简单示例1--单变量模型: 林元震 2021-3-2 18:38; AFEchidna包里的函数echidna()可以达到在R中运行Echidna软件的目的。 AFEchidna包主函数echidna()用法(新版本)如下： echidna(es0.file,trait,fixed,random,residual, delf,foldN,mulT,mulN, & ...; 个人分类: Echidna|1436 次阅读|没有评论

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