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2019-5-30 16:01
本人从事林业统计分析,主编R与ASReml软件的教材2部,主译学术专著1部。熟悉植物遗传评估,擅长R软件与ASReml软件。熟悉R编程,包括常见的基础统计(方差分析、协方差分析、t检验等)和高级统计(主成分分析、聚类分析、判别分析等);同时,也善于使用R软件进行图形的绘制,包括高级程序包ggplot2和lattice;此外,本 ...
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G×E分析之ASReml-R篇
热度 1 林元震 2013-10-25 13:59
为研究种植密度对辐射松生长性状的影响,以55个半同胞家系为试验材料,设置3种种植密度( S1:1×1m,S2:1×2m 和 S3:2×3m),每种植密度下设置5个区组,4株行式小区。试验设计为随机完全区组设计。在28年生的该试验林分,对所有存活树钻取1.3m处的木芯(15mm),共1456个木芯。测量数据分两套:一套 ...
个人分类: ASReml|5251 次阅读|1 个评论 热度 1
空间分析之ASReml-R篇
林元震 2013-10-24 20:21
空间分析(spatial anlaysis )已被用于农作物品种的田间试验,试验结果表明,与RCB或RIB设计相比,空间分析可以减少试验误差并提高农作物品种评估的准确性。林业试验与农作物品种试验有些相似,都需要考虑地点的差异性。然而,林业试验又不同于农业的,因为林业试验材料一般来源于杂交,而且试验材料 ...
个人分类: ASReml|4655 次阅读|没有评论
ASReml-R之简介
热度 2 林元震 2013-10-24 20:14
目前用于遗传分析的主要统计软件有 SAS 和 SPSS 等,并已经开发出了包括 WOMBAT 、 MCMCglmm(R 语言的程序包 ) 等在内一系列遗传方差组份估计软件。 ASReml 是一个非常强大的统计软件,由 NSW Agriculture 的 Arthur Gilmour 开发的。该软件专门用于海量数据的混合模型分析,并可估算许多 ...
个人分类: R|15350 次阅读|2 个评论 热度 2
聚类分析之R语言篇
林元震 2013-10-24 20:13
聚类分析 (cluster analysis) 是把研究对象 ( 样本或变量 ) 分组成为由类似的对象组成多个类的一种统计方法。聚类结果一般在 4-6 类,不易太多,或太少。聚类分析目的在于将相似的事物归类,同一类中的个体有较大的相似性,不同类的个体差异性很大。两个个体间 ( 或变量间 ) 的对应程度或联 ...
个人分类: R|33519 次阅读|没有评论
R高级绘图之lattice篇
林元震 2013-10-24 20:11
lattice 包很容易实现单变量或多变量的数据可视化,生成的图形为栅栏图。在一个或多个其它变量的条件下,栅栏图可展示某个变量的分布或与其他变量间的关系。同时, lattice 包提供了丰富的图形函数,可生成单变量图形 ( 点图、核密度图、直方图、柱形图和箱线图 ) 、双变量图 ( 散点图、带状图和平行箱线图 ) ...
个人分类: R|14055 次阅读|没有评论
双性状分析之ASReml-R篇
林元震 2013-10-23 22:26
数据集与单性状的一样,以心材密度dj和5年生树高h5为目标性状,进行双性状的分析。 在做双性状分析前,一般先对各性状进行独自的单性状分析,获得各自的最佳模型,得到各性状的加性遗传方差和误差方差,对于后续双性状分析的模型,可以用于R结构和G结构的初始值设置。 asrem ...
个人分类: ASReml|4562 次阅读|没有评论
单性状分析之ASReml-R篇
热度 1 林元震 2013-10-23 22:22
以 5 年生的树高 h5 为目标性状,进行单性状分析。将区组 Rep 视为固定效应,家系 Fam 和小区 Plot 视为随机效应,分析代码如下: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 ############ 代码清单 ########## setwd( “d:\asreml_data\da ...
个人分类: ASReml|9295 次阅读|3 个评论 热度 1

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