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ASReml| R| breedR| python| 数量遗传学| Echidna|

置顶 · 提供数据分析服务-本帖长期有效（5月更新）: 2019-5-30 16:01; 本人从事林业统计分析，主编R与ASReml软件的教材2部，主译学术专著1部。熟悉植物遗传评估，擅长R软件与ASReml软件。熟悉R编程，包括常见的基础统计（方差分析、协方差分析、t检验等）和高级统计（主成分分析、聚类分析、判别分析等）；同时，也善于使用R软件进行图形的绘制，包括高级程序包ggplot2和lattice；此外，本 ...; 个人分类: R|3402 次阅读|没有评论

多地点试验—G×E分析之ASReml-R篇: 林元震 2013-11-28 13:39; 多地点试验(Mulit-Environment Trials, MET)，一般分为3个阶段：首先为初试阶段，试验地点较少，试验重复也较少，但参试遗传材料较多；其次为中试阶段，试验地点在10~15个，重复在3~4次，参试遗传材料在30~50个；最后为大规模试验阶段，试验区域更广、地点更多，而且多年份测定。在ASReml软件中，可以使用因子分析法(Fact ...; 个人分类: ASReml|4162 次阅读|没有评论

拉丁方设计之R篇: 林元震 2013-11-28 13:09; 拉丁方设计（Latin square design）是从横行和直列两个方向进行双重局部控制，使得横行和直列两向皆成单位组，是比随机单位组设计多一个单位组的设计。以n个拉丁字母A，B，C，……，为元素，作一个n阶方阵，若这n个拉丁方字母在这n阶方阵的每一行、每一列都出现、且只出现一次，则称该 ...; 个人分类: R|10482 次阅读|没有评论

巢式设计之R篇: 热度 2 林元震 2013-11-18 14:14; 巢式设计(Nested design)，也称为嵌套设计或系统分组设计。把研究对象分成若干组，每组内又分若干亚组，每个亚组又有若干观测值的设计，称为巢式设计。根据因素数的不同，巢式设计可分为二因素(二级)、三因素(三级)等巢式设计。【例子】某试验欲研究药物品种、炮制方法以及剂量对小鼠凝血时间的影响，采用了巢式 ...; 个人分类: R|12861 次阅读|2 个评论热度 2

单因素方差分析之R篇: 热度 2 林元震 2013-11-4 10:12; 程序代码如下： 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 ######### 代码清单 ######### #### 建立数据集df #### yield - scan() 24 30 28 26 27 24 21 26 31 28 25 30 32 33 33 28 21 22 16 21 ...; 个人分类: R|19877 次阅读|3 个评论热度 2

R语言简介: 林元震 2013-11-4 09:59; R既是软件，也是语言，在GNU协议General Public Licence下免费发行，是1995年由新西兰奥克兰大学统计系的Ross Ihaka和Robert Gentleman基于S语言基础上共同开发的一种统计软件。现在由R开发核心小组(R Development Core Team)负责维护与更新，并将全球优秀的统计应用程序包免费提供给世人使用、共享。 R是一套由数据 ...; 个人分类: R|4154 次阅读|没有评论

列联表检验之R篇: 林元震 2013-10-29 21:28; 根据卡方检验对试验数据次数判断两类因子相互独立或彼此相关的假设检验称为独立性检验(test for independence)。主要类型有2×2、2×c、r×c列联表的独立性检验。举个简单的2×2列联表的独立性检验分析代码和运行结果如下： 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 df - matrix( c(26, 184, 50, 2 ...; 个人分类: R|18660 次阅读|没有评论

双列杂交试验之ASReml-R篇: 林元震 2013-10-27 20:57; 某林木有8个亲本，进行双列杂交试验，随机完全区组设计，下设2区组。目标性状为10年生胸径。分析代码如下： 1 2 3 4 5 6 7 8 #################### diallel mate design ######################## library(asreml) df-asreml.read.table(file='dial.to.csv',header=T,sep=',' ...; 个人分类: ASReml|3899 次阅读|没有评论

颜色等高图之R篇: 林元震 2013-10-27 20:34; 颜色等高图对于试验数据的空间分析，可以做一个直观、形象的判断。以某松树某个林分的10年生胸径为例，试验林是35行、40列，共1400个数据。其中的缺失值一律用0.001替代，以减少缺失值对图形的影响(由于默认情况下，缺失值对应的颜色为白色，会对图形干扰)。绘图代码如下： 1 2 3 4 5 6 7 8 ...; 个人分类: R|5613 次阅读|没有评论

主成分分析之R篇: 热度 2 林元震 2013-10-27 20:21; R中psych包可以进行主成分分析，其分析的步骤为：（1）判断主成分的个数；（2）提取主成分；（3）获取主成分得分；（4）列出主成分方程，解释主成分意义。【例子】测定了20株杨树树叶，每个叶子测定了4个变量(叶长x1，2/3处叶宽x2，1/3处叶宽x2，1/2处叶宽x2)，测定结果如表4-52所示。试进行本样本 ...; 个人分类: R|38034 次阅读|2 个评论热度 2

双性状分析之MCMCglmm篇: 林元震 2013-10-25 14:12; 对于多性状分析， R 中的程序包 MCMCglmm 也可进行 asreml-r 的类似分析，只是代码更为复杂。 MCMCglmm 程序包代码如下： 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 ############ ...; 个人分类: R|8716 次阅读|没有评论

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