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ASReml| R| breedR| python| 数量遗传学| Echidna|

置顶 · 提供数据分析服务-本帖长期有效（5月更新）: 2019-5-30 16:01; 本人从事林业统计分析，主编R与ASReml软件的教材2部，主译学术专著1部。熟悉植物遗传评估，擅长R软件与ASReml软件。熟悉R编程，包括常见的基础统计（方差分析、协方差分析、t检验等）和高级统计（主成分分析、聚类分析、判别分析等）；同时，也善于使用R软件进行图形的绘制，包括高级程序包ggplot2和lattice；此外，本 ...; 个人分类: R|3370 次阅读|没有评论

AFEchidna包增加函数echidnaT: 林元震 2021-2-14 16:41; AFEchidna包增加了函数echidnaT()，其用法类似echidna()，如下： echidnaT(es0.file,trait,fixed,random,residual, delf,foldN,mulT,mulN, met,cycle, &nbs ...; 个人分类: Echidna|1245 次阅读|没有评论

AFEchidna包主函数echidna更新: 林元震 2021-2-7 16:18; AFEchidna包主函数echidna()用法(新版本)如下： echidna(es0.file,trait,fixed,random,residual, delf,foldN,mulT,mulN, met,cycle, &n ...; 个人分类: Echidna|1354 次阅读|没有评论

AFEchidna包更新代码！: 林元震 2021-2-3 22:36; 这几天对主函数echidna()代码做了一些，主要是增加代码修改，使得该包用法更符合R语言的风格。当然，之前的用法仍旧保留下来。 AFEchidna包主函数echidna()用法(新版本)如下： echidna(es0.file,trait,fixed,random,residual, foldN,delf,mulT,met,cy ...; 个人分类: Echidna|1243 次阅读|没有评论

基于植物试验的GBLUP模型之Echidna篇: 热度 1 林元震 2020-5-20 10:18; 使用与基于谱系预测相同的混合模型方程，但用基于分子标记的G矩阵代替A矩阵来计算基因组估计育种值（genomic estimated breeding values，GEBV），这种方法就称为GBLUP。相对地，基于谱系的方法就可以称为ABLUP。GBLUP也是基因组选择方法之一。采用《动植物育种遗传数据分析》书中的玉米试验数据为例，数据读取代码如 ...; 个人分类: Echidna|2277 次阅读|2 个评论热度 1

用R分析COVID-19流行病学[译文]: 林元震 2020-3-7 07:33; 作者简介： Tim Churches是新南威尔士大学临床医学院的高级研究员，也是Ingham应用医学研究所的健康数据科学家。他的研究领域涉及普通医学、全科医学、职业卫生和公共卫生实践，尤其是人口健康监测和临床流行病学。英文原文的链接： COVID-19 epidemiology with R 前言当我在2020年3月4日撰写本文时 ...; 个人分类: R|4226 次阅读|没有评论

利用R语言简单的时间序列模型预测韩国、日本、伊朗和意大利的疫情趋势: 林元震 2020-3-2 15:09; 问题：韩国、日本、伊朗和意大利的新型冠状病毒肺炎疫情是除了我国之外，目前疫情最严重的4个国家，那么之后疫情会有怎样的变化趋势？方法：采用R语言forecast包的auto.arima函数进行预测。 1 数据采集利用腾讯微信提供的数据。仅收集2月28日至今的数据，具体如下： df1 # A tibble: 13 x 5 ...; 个人分类: R|4917 次阅读|没有评论

批量求解基于电导率的植物半致死温度: 林元震 2020-3-1 22:09; 1 问题的提出问题：一批植物材料，设定了不同梯度的温度，每个处理重复3次，并测定了相对电导率，想计算各种基因型的半致死温度。方法：采用文献《应用Logistic方程确定植物组织低温半致死温度的研究》的方法进行计算。前言：很遗憾，R语言自带的nls函数（nls(ddl ~ SSlogis(temp, a, b, c)）无法运行，主要缘故 ...; 个人分类: R|3007 次阅读|没有评论

家系模型之Echidna篇: 林元震 2020-2-29 11:02; 家系模型，也称为亲本模型，是遗传评估的经典模型，常用于优良家系的选择和优良亲本的评估。家系分为半同胞家系和全同胞家系，前者可来自种源试验或自由授粉设计，后者多数来自析因交配、双列交配、巢式交配等设计。 1 示例数据示例数据Pine_provenance.csv共有4个种源，36个半同胞家系。田间试验设计为随机完全区 ...; 个人分类: Echidna|2053 次阅读|没有评论

用R语言批量处理文件文件夹和文件: 林元震 2020-2-29 10:02; 有时候，我们需要从一系列文件夹里提取一系列文件，比如pdf文件。再者，我们可能还需要对这些文件做一些处理，比如合并。那么就可以利用R语言来处理。一般来说，perl语言更适用于文件或文本的处理。不过，因perl语言很久没用，生疏了。 R语言自带的一系列函数处理如下： file.remove(...)#用于文件删除 ...; 个人分类: R|6571 次阅读|没有评论

[重磅推荐]免费版的动植物遗传评估软件Echidna: 林元震 2019-12-25 13:36; 关于Echidna软件 Echidna（ https://www.echidnamms.org/ ）由ASReml软件原开发者Arthur Gilmour开发，其功能接近于ASReml，但对于非商业使用者是免费的。注意：国内网无法直接注册和下载。 Echidna Mixed Models Software. Developed free for non-commercial use. Echidna performs statistic ...; 个人分类: Echidna|2965 次阅读|没有评论

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