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置顶 · 提供数据分析服务-本帖长期有效(5月更新)
2019-5-30 16:01
本人从事林业统计分析,主编R与ASReml软件的教材2部,主译学术专著1部。熟悉植物遗传评估,擅长R软件与ASReml软件。熟悉R编程,包括常见的基础统计(方差分析、协方差分析、t检验等)和高级统计(主成分分析、聚类分析、判别分析等);同时,也善于使用R软件进行图形的绘制,包括高级程序包ggplot2和lattice;此外,本 ...
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AFEchidna的简易用法
林元震 2021-11-4 10:35
请见下述pdf文件: AFEchidna.Man.pdf
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AFEchidna示例16 -- 如何计算各种遗传参数及其标准误差
林元震 2021-10-14 17:27
只要知道遗传参数的计算公式,通过AFEchidna的pin函数来求解是非常方便的。 下面以双性状为例,演示遗传相关、遗传力、遗传变异系数、遗传增益等参数的计算: // bi-trait res12-echidna(cbind(h3,h4)~Trait+Trait:Rep, random=~us(Trait):Fam, ...
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AFEchidna示例15 --update的妙用1
林元震 2021-10-5 19:50
update()用于更新运行新模型,其可简化程序代码,AFEchidna包里的update()要比传统的功能更为强大。 示例1,在某个性状分析基础上,进一步进行单性状的批量分析: // A simple case res11-echidna(fixed=h3~1+Rep, random=~Fam, &nbs ...
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遗传增益(genetic gain)如何计算标准误?
林元震 2021-9-27 22:00
根据《森林遗传学》(怀特等人著)书中公式13.3,公式如下: Δ G = h 2 S = h 2 ∗ ( μ s − μ p ) 上式除于群体均值,就可得到百分比的结果: Δ G 2 = 100 ∗ h 2 S / μ p = 100 ∗ h 2 ∗ ( μ s − μ p ) / μ p 基于上述公式,就可通过AFEchidna计算遗 ...
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AFEchidna包的在线安装
林元震 2021-9-7 14:33
AFEchidna包现已传到GitHub网,感兴趣的读者们,可以通过下述代码进行在线安装: remotes::install_github('yzhlinscau/AFEchidna') 成功安装后,可以使用下述代码进行依赖包的自动检测和安装: AFEchidna::checkPack()
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AFEchidna示例14--添加权重变量
林元震 2021-8-25 09:47
AFEchidna包可以给因变量添加权重变量,简单示例如下: res21-echidna(h3~1+Rep, weights='h1', random=~Fam, es0.file=f ...
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《ASReml-R统计学》中ASReml代码转用AFEchidna代码 -- part 1
林元震 2021-8-12 21:56
-10.4.2.1 单性状 原书ASReml代码: // asreml style fm - asreml( h5 ~ 1 + Rep, random = ~ Fam , data = df, subset ...
个人分类: Echidna|785 次阅读|没有评论
AFEchidna示例12--非正态分布变量的多性状模型
林元震 2021-8-11 22:27
AFEchidna包可以运行1个或多个非正态分布变量的多性状模型,简单示例如下: - 仅1个非正态分布变量 单性状: res11-echidna(es0.file=dfm2.es0, fixed=dis~1+Rep, random=~Mum, &nb ...
个人分类: Echidna|673 次阅读|没有评论
AFEchidna示例11--批量进行计算基因组关系矩阵和运行Gblup分析
林元震 2021-7-3 20:47
更好的示范请见链接: https://blog.csdn.net/yzhlinscau/article/details/118444615 AFEchidna包可以批量进行计算基因组关系矩阵,简单示例如下: library(AFEchidna) setwd(D:/Rdata) G.marker-read.csv(file=G.marker.csv,header=T) G.ped-read. ...
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AFEchidna包免费对外开放
林元震 2021-7-1 18:25
关于AFEchidna包的介绍,可点击下述链接查看DOI:10.13140/RG.2.2.17100.54404 link AFEchidna包免费对外开放,仅用于学术研究,不可用于商业研究,否则造成的后果自负。 感兴趣者,可发邮件到yzhlinscau@163.com免费索取程序包。
个人分类: Echidna|637 次阅读|1 个评论

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