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AFEchidna示例12--非正态分布变量的多性状模型

已有 912 次阅读 2021-8-11 22:27 |个人分类:Echidna|系统分类:科研笔记

AFEchidna包可以运行1个或多个非正态分布变量的多性状模型,简单示例如下:


- 仅1个非正态分布变量

单性状:


res11<-echidna(es0.file="dfm2.es0",

               fixed=dis~1+Rep,

               random=~Mum,

               family=esr_binomial())


运行结果:


> res11<-echidna(es0.file="dfm2.es0",

+                fixed=dis~1+Rep,

+                random=~Mum,

+                family=esr_binomial())


Running Echidna for analysis:  dis !binomial !probit  


 Wed Aug 11 21:51:04 2021 

  Iteration    LogL eSigma NEDF

1         1 -424.14 0.9763  554

2         2 -421.41 0.9800  554

3         3 -418.93 0.9858  554

4         4 -418.98 0.9855  554

5         5 -418.99 0.9855  554

6         6 -418.99 0.9855  554

Wed Aug 11 21:51:04 2021 LogL Converged 


> Var(res11)

      Term    Sigma       SE   Z.ratio

1 Residual 0.985460 0.062299 15.818231

2      Mum 0.048413 0.040492  1.195619


双性状:


res12<-echidna(es0.file="dfm2.es0",

               fixed=cbind(h5,lt)~Trait+Trait:Rep,

               random=~us(Trait):Mum,

               residual= ~units:us(Trait),

               mulT=T,

               family=c(esr_gaussian(),esr_binomial()))


运行结果:


> res12<-echidna(es0.file="dfm2.es0",

+                fixed=cbind(h5,lt)~Trait+Trait:Rep,

+                random=~us(Trait):Mum,

+                residual= ~units:us(Trait),

+                mulT=T,

+                family=c(esr_gaussian(),esr_binomial()))


Running Echidna for analysis:  h5  lt !binomial !probit  


 Wed Aug 11 21:54:00 2021 

  Iteration     LogL NEDF

1         1 -2520.08 1105

2         2 -2269.22 1105

3         3 -2100.84 1105

4         4 -2077.23 1105

5         5 -2082.81 1105

6         6 -2084.85 1105

7         7 -2084.81 1105

8         8 -2084.81 1105

Wed Aug 11 21:54:01 2021 LogL Converged 


> Var(res12)

                       Term    Sigma       SE    Z.ratio

1                  Residual  1.00000 0.000000        Inf

2   us(Trait):Mum;us(Trait)  4.38440 1.862800  2.3536612

3   us(Trait):Mum;us(Trait) -0.23360 0.198340 -1.1777755

4   us(Trait):Mum;us(Trait)  0.05461 0.040974  1.3327964

5 units:us(Trait);us(Trait) 53.35500 3.373600 15.8154494

6 units:us(Trait);us(Trait) -0.29465 0.313050 -0.9412234

7 units:us(Trait);us(Trait)  1.00380 0.063915 15.7052335


- 2个非正态分布变量

示例代码:


res13<-echidna(es0.file="dfm2.es0",

               fixed=cbind(dis,lt)~Trait+Trait:Rep,

               random=~us(Trait):Mum,

               residual= ~units:us(Trait),

               mulT=T,

               family=c(esr_binomial(),esr_binomial()))


运行结果:


> res13<-echidna(es0.file="dfm2.es0",

+                fixed=cbind(dis,lt)~Trait+Trait:Rep,

+                random=~us(Trait):Mum,

+                residual = ~units:us(Trait),

+                mulT=T,

+                family=c(esr_binomial(),esr_binomial()))


Running Echidna for analysis:  dis !binomial !probit  lt !binomial !probit  


 Wed Aug 11 21:52:56 2021 

  Iteration     LogL NEDF

1         1 -1518.66 1108

2         2 -1181.84 1108

3         3  -891.98 1108

4         4  -824.48 1108

5         5  -833.78 1108

6         6  -838.83 1108

7         7  -838.75 1108

8         8  -838.73 1108

9         9  -838.73 1108

Wed Aug 11 21:52:57 2021 LogL Converged 


> Var(res13)

                       Term      Sigma       SE    Z.ratio

1                  Residual  1.0000000 0.000000        Inf

2   us(Trait):Mum;us(Trait)  0.0456910 0.040544  1.1269485

3   us(Trait):Mum;us(Trait)  0.0044974 0.028819  0.1560568

4   us(Trait):Mum;us(Trait)  0.0559140 0.041292  1.3541122

5 units:us(Trait);us(Trait)  1.0044000 0.064116 15.6653565

6 units:us(Trait);us(Trait) -0.0328440 0.045304 -0.7249691

7 units:us(Trait);us(Trait)  1.0030000 0.063919 15.6917349


AFEchidna包免费对外开放,仅用于学术研究,不可用于商业研究,否则造成的后果自负。


感兴趣者,可发邮件到yzhlinscau@163.com免费索取程序包。


参考文献:

Zhang WH, Wei RY, Liu Y, Lin YZ. AFEchidna is a R package for genetic evaluation of plant and animal breeding datasets. BioRxiv. DOI: 10.1101/2021.06.24.449740.





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