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新书《R与ASReml-R统计学》年底出版

已有 5213 次阅读 2016-10-21 15:54 |个人分类:ASReml|系统分类:科研笔记

前言

R语言在国内日趋热门,这点从近些年国内R会议的参加人数变化即可看出,2012年约为400人,2013年约为600人,2014年约为1400人,2015年达到4200人,据统计2016年参会人员将突破1万人,俨然是国内规模最大的专题会议。R会议地点也从最早的北京,到上海、深圳、广州,慢慢拓展到各省会城市。R语言现已渗透在国内的生态、金融、统计、互联网、医疗和农林牧渔等行业,且在大数据、生物信息学以及人工智能等领域大展身手。正如笔者在《RASReml-R统计分析教程》前言中所写的“R语言在数据挖掘和可视化应用领域的快速崛起意味着R语言已经为大数据时代做好准备”,从R语言在国内的应用领域来看,已然可以得到佐证。

大约3年前,笔者组织编写了农林领域第一部有关RASReml-R软件的“十二五”规划教材--RASReml-R统计分析教程》,该教材在业界内获得一定的好评。但正如R语言的迅猛发展,以及该教材的章节不够齐全、部分内容急需更新,并且近年来比较热门的基因组选择,上述正是编写这本书的重要原因。

与上一部教材一样,对阅读本书的读者,没有统计编程或R语言背景的要求,当然读者如有R基础知识将会更好得理解、掌握本书的知识点。本书结构已完全不同于上一部教材,在本书中,总共包含11章,且每章都附有思考题。

本书的第1~3章介绍R语言、基础语法和数据创建,让读者对R语言有一些直观的概念,了解R及其语法的特点,熟悉R中数据类型及其创建,这些对于后续的数据管理、统计分析以及图形绘制等操作是必需的。

4章介绍了数据管理的各种操作,包括数据转换、排序、合并、重构、分段、汇总、查重以及子集提前,重点介绍了数据综合处理包dplyr包和data.table包的用法。熟练掌握数据管理的各种操作对于统计分析和图形绘制非常重要。

56章较全面介绍了R的基础统计和高级统计,其中基础统计包括描述性统计、频数表分析、方差分析、协方差分析、t检验、卡方检验、线性回归、相关分析和通径分析,高级统计包括广义线性模型、生长模型、生存分析、主成分分析、因子分析、聚类分析、判别分析、功效分析、重抽样和综合评价分析。

7章专门介绍了R的试验设计和数据分析,设计类型包括完全随机设计、随机区组设计、平衡不完全区组设计、拉丁方设计、正交设计、裂区设计、巢式设计、析因设计、循环设计、格子设计、α设计和条区设计,并介绍了各种设计的基本概念、R出设计表以及数据分析的过程。

8章介绍了R的基础绘图,包括条形图、直方图、散点图、热图、散点图矩阵等常见图形,并介绍了绘图参数的设置,以及数学公式、文本的添加,此外,还展示了交互图形的绘制。

9章重点演示了Rlattcieggplot2的高级绘图,其中lattcie包绘图包括基础语法、单变量绘图、双变量绘图、多变量绘图以及高级绘图参数的设置,ggplot2包绘图包括基础语法、各种图形绘制以及高级绘图参数的设置,本章节是R绘图优势和强大功能的展现。

10章介绍了R包在遗传评估上的应用,重点介绍了MCMCglmm包和ASReml-R包。尤其是ASReml-R包,其作为商业软件包,现已广泛应用于农林牧渔、生态等各行业。在本章节中,特别演示了ASReml-R包在单性状模型、双性状模型、模型比较、阈性状模型、泊松分布型模型、协变量模型以及批量分析的基础用法,也拓展了遗传参数评估(遗传力、育种值、遗传相关与遗传增益)的各种类型,包括子代测定、无性系测定、空间分析(规则与不规则)、多地点G×E分析、多年份分析、多交配分析、多世代分析以及基因组选择。本章节对于动植物遗传试验的数据分析具有较重要的参考价值。

11章介绍了windows系统下的R包开发,包括所需软件、函数编写及R包制作,并专门演示了笔者自编程序包AAfun的一些功能。本章的目的是让读者了解R包的开发流程,希望有更多的R读者加入到程序包的开发中,更好更快得促进R在各领域中的应用。

附录部分给出了索引、网络资源以及参考文献,便于读者进一步查询或学习R语言的相关知识。与上一部教材一样,本书仍将秉着R开源免费的精神,把本书中所有的数据、代码和彩图,无偿地存放于网盘http://yzhlin-asreml.ys168.com/,供读者免费下载、自由使用。

最后,笔者要衷心感谢美国北卡州立大学的FikretIsik教授,Isik教授是国际知名的遗传统计学家,感谢他百忙之中欣然为本书作序。此外,也要特别感谢瑞典农业大学的合作导师HarryWu教授以及ASReml的软件开发者ArthurGilmour,他们对于我在RASReml-R的学习路程上起着不可磨灭的推动作用。

由于编者的知识水平有限,本书中难免会有疏漏和不足,热忱欢迎读者批评指正。如对对本书有任何建议或意见,请发送邮件到:yzhlinscau@163.com

林元震

20166



附件是新书的目录。

目录-R与ASReml-R统计学.pdf




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