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ASReml| R| breedR| python| 数量遗传学| Echidna|

置顶 · 提供数据分析服务-本帖长期有效（5月更新）: 2019-5-30 16:01; 本人从事林业统计分析，主编R与ASReml软件的教材2部，主译学术专著1部。熟悉植物遗传评估，擅长R软件与ASReml软件。熟悉R编程，包括常见的基础统计（方差分析、协方差分析、t检验等）和高级统计（主成分分析、聚类分析、判别分析等）；同时，也善于使用R软件进行图形的绘制，包括高级程序包ggplot2和lattice；此外，本 ...; 个人分类: R|3370 次阅读|没有评论

性状的pearson相关与表型相关的差异: 林元震 2022-5-28 20:42; pearson相关是指两个数量性状间的积差相关，其计算公式如下： $$\rho_{x,y}=\frac {Cov(x,y)} {\sigma_x*\sigma_y}$$ 式中，$Cov(x,y)$是两性状数值间的协方差，$\sigma_x、\sigma_y$分别是两个性状的标准差。而遗传参数中的表型相关是指两个性状的表型协方差与其表型标准差积的比值，公式如下 ...; 个人分类: Echidna|2644 次阅读|没有评论

AFEchidna包示例22之管道操作符%＞%的妙用: 林元震 2022-5-4 12:04; 使用管道操作符`%%`，可以直接把数据传递给下一个函数调用或表达式。目的有二：一是减少代码开发时间，提高代码的可读性和维护性；二是让代码更简短。 `%%`是最常用的操作符，把左侧的数据或表达式，传递给右侧的函数调用或表达式运行，可以像个链条一样连续操作。在使用AFEchidna包进行多个随机效应模型的 ...; 个人分类: Echidna|1713 次阅读|没有评论

《动植物育种遗传数据分析》之AFEchidna篇--第5章: 林元震 2022-4-24 15:51; 引子：本人于2019年主译出版的《动植物育种遗传数据分析》，原书主要使用ASReml进行分析。本博客将陆续演示使用AFEchidna包达到类似ASReml的结果。第5章的代码如下： ```javascript // chapter 5 library(AFEchidna2) get.es0.file(dat.file = 'diallel.csv') get.es0.file(es.file = 'dia ...; 个人分类: Echidna|2032 次阅读|没有评论

《动植物育种遗传数据分析》之AFEchidna篇--第1章: 林元震 2022-4-15 20:17; 引子：本人于2019年主译出版的《动植物育种遗传数据分析》，原书主要使用ASReml进行分析。本博客将陆续演示使用AFEchidna包达到类似ASReml的结果。第一章的代码如下： // chapter one library(AFEchidna) get.es0.file(dat.file='pine_provenance.csv') # .es file get.es0.file(es.file=' ...; 个人分类: Echidna|2103 次阅读|没有评论

AFEchidna包的使用秘籍: 热度 1 林元震 2022-4-7 18:23; Note: AFEchidna包最新版本为1.62，相应的github版本并未实时更新。 update: 2022-04-06th 1 AFEchidna包的在线安装 2 AFEchidna包的使用设置 3 Echidna软件的更新方法 4 AFEchidna包的使用示例 4.0 如何生成.es0文件 4.1 单变量模型 4.2 单变量的批量分析 ...; 个人分类: Echidna|2114 次阅读|1 个评论热度 1

AFEchidna的简易用法: 林元震 2021-11-4 10:35; 请见下述pdf文件： AFEchidna.Man.pdf; 个人分类: Echidna|1648 次阅读|没有评论

AFEchidna示例16 -- 如何计算各种遗传参数及其标准误差: 林元震 2021-10-14 17:27; 只要知道遗传参数的计算公式，通过AFEchidna的pin函数来求解是非常方便的。下面以双性状为例，演示遗传相关、遗传力、遗传变异系数、遗传增益等参数的计算： // bi-trait res12-echidna(cbind(h3,h4)~Trait+Trait:Rep, random=~us(Trait):Fam, ...; 个人分类: Echidna|2372 次阅读|没有评论

AFEchidna示例15 --update的妙用1: 林元震 2021-10-5 19:50; update()用于更新运行新模型，其可简化程序代码，AFEchidna包里的update()要比传统的功能更为强大。示例1，在某个性状分析基础上，进一步进行单性状的批量分析： // A simple case res11-echidna(fixed=h3~1+Rep, random=~Fam, &nbs ...; 个人分类: Echidna|1789 次阅读|没有评论

AFEchidna包的在线安装: 林元震 2021-9-7 14:33; AFEchidna包现已传到GitHub网，感兴趣的读者们，可以通过下述代码进行在线安装： remotes::install_github('yzhlinscau/AFEchidna') 成功安装后，可以使用下述代码进行依赖包的自动检测和安装： AFEchidna::checkPack(); 个人分类: Echidna|1403 次阅读|没有评论

AFEchidna示例14--添加权重变量: 林元震 2021-8-25 09:47; AFEchidna包可以给因变量添加权重变量，简单示例如下： res21-echidna(h3~1+Rep, weights='h1', random=~Fam, es0.file=f ...; 个人分类: Echidna|1344 次阅读|没有评论

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