统计序列中的gap位置和大小

马省伟 2018-8-3 15:34

支持python3，可用来统计基因组上的gap位置，gap大小。输出格式是gff3。当然根据需要修改print那一行可以输出bed等格式 使用格式如下： python3 getgaps.py genome.fasta gaps.gff3 #!/usr/bin/envpython3 #thiscodewaschangedbasedonbiostar ...

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获取目标染色体区间内的基因和候选基因的筛选策略

马省伟 2018-7-30 09:31

现在小麦做正向遗传要方便很多了。标记开发不是问题，反而表型是关键。 将基因定位到某一区间后，除了开发标记往往还需要先看一看目标区间里的基因有没有疑似的候选基因。 那么如何快速获取候选区间内的基因呢？ 今天我们介绍两种方法。以我们上周介绍的 TaHdm605 的介绍为例（ 普通小麦花期调控基因Ta ...

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2018年第30周小麦文献汇总（7.29）

马省伟 2018-7-28 21:16

1 TaWRKY51 promotes lateral root formation through negatively regulating ethylene biosynthesis in wheat (Triticum aestivum L.). Plant J. 2018 Jul 25. doi: 10.1111/tpj.14038. PMID:30044519 Author : Hu, Zhaorong; Wang, Rui; Zheng, Mei; Liu, Xingbei; Meng, Fei; Wu, Hualing; Yao, Yin ...

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小麦抗白粉病基因定位研究进展

热度 1 马省伟 2018-7-20 10:29

小麦抗白粉病基因定位研究进展 客观地讲，小麦白粉病远比赤霉病防控起来要容易的多。小麦对白粉病的抗性分为两种：水平抗性（即广谱抗性，或者成株抗性）和垂直抗性（粗略地讲，一个白粉病生理小种对应一个抗性基因），前者是数量性状基因控制着的，后者是由单显性基因控制的。我们对发表于2015年10月以前的 ...

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2018年第25周小麦文献汇总（6.24）

马省伟 2018-6-23 11:47

2018年第25周小麦文献汇总（6.24） 1 Rht8 gene as an alternate dwarfing gene in elite Indian spring wheat cultivars. PLoS One. 2018 Jun 21;13(6):e0199330. doi: 10.1371/journal.pone.0199330. eCollection 2018. PMID:29927977 Author : Grover, Gomti; Sharma, Achla; Gill, Harsimar S; ...

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2018年第24周小麦文献汇总（6.15）

马省伟 2018-6-16 21:18

2018年第24周小麦文献汇总（6.15） 1 Rotary tillage in rotation with plowing tillage improves soil properties and crop yield in a wheat-maize cropping system. PLoS One. 2018 Jun 14;13(6):e0198193. doi: 10.1371/journal.pone.0198193. eCollection 2018. PMID:29902193 Author : Zhang, ...

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