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转座子可抑制mRNA翻译
马省伟 2017-3-18 23:20
3月3日,《Nature Communications》在线发表了熊立仲课题组题为 “Translational repression by a miniature inverted-repeat transposable element in the 3′untranslated region” 的研究论文。该研究发现水稻中的一类DNA转座子具有翻译抑制功能。此研究使我们更深入了解基因组中转座子的生物学功能。沈建强博 ...
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二代测序短序列mapping新选择:Magic-BLAST
热度 1 马省伟 2017-3-3 17:47
Magic-BLAST is a tool for mapping large next-generation RNA or DNA sequencing runs against a whole genome or transcriptome. 前面一段 时间看到NCBI上blast出了一个新系列,短序列的mapping。基本与blast使用体验一致。Magic-BLAST 也适用于长片段mapping,比如EST。最好调整默认的参数。 科学网博客 ...
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The pangenome of hexaploid bread wheat
热度 1 马省伟 2017-2-26 22:20
The pangenome of hexaploid bread wheat   今天看到这样一篇文章,着实高兴了一番。在小麦参考基因组刚刚公布,文章还未发表的情况下,突然跳出了一篇小麦宏基因组的文章,让人不得不得感叹,这都是什么世道。匆匆看过一遍之后,有点失望,这分析也太简单了,怪不得只发在了The plant journal上,需要挖掘的信息很 ...
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茆长暄教授发表的英文论文等(scholar google)
热度 1 马省伟 2017-2-21 18:27
来自 google scholar
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“高通量、单细胞是核心,后面的都是扯淡”总结
热度 1 马省伟 2017-2-16 16:45
今天在群里高老师说“高通量、单细胞是核心,后面的都是扯淡”。 争论到最后,大家都觉得没意思,我也退出了这个群。下面做个总结。 对“高通量、单细胞是核心,后面的都是扯淡”这句话谈下我的理解。“后面的”具体指什么?我多次请教高老师 ...
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fasta转成txt
马省伟 2017-2-10 23:10
fasta转成txt 有的时候需要将fasta格式的序列文件转换成以tab键分割的txt文件 写了一个简单的命令。用法如下: fasta2txt -i input.fa -o out.txt 代码如下 #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- __author__ ...
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MAC清除mackeeper
马省伟 2017-2-9 16:54
MAC清除mackeeper 最近不知道啥时候使用Chrome浏览器看网页时总是跳出mackeeper的广告。 猜测遇到流氓软件了。解决方法如下: 下载 Malwarebytes Anti-Malware for Mac 安装之后点击scan(扫描), 扫描出的文件全部都删除,之后会提示重启,点击yes。 重启就好了。 当然如果你使 ...
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从学校评估谈起
热度 20 马省伟 2016-12-25 17:39
上个月学校完成本科教学评估。为了应对评估,校园的宣传栏、垃圾桶、校园环境等都焕然一新。篮球场画了线、刷了漆,甚至还装起了大灯。奇怪的是大灯晚上却不开,原以为是为了方便同学,有的人说那是为了评估。学校领导晚上又不来这,谁关心你们学生。评估当天,校园内还搞起了限行,单号让进校园,双号即使开 ...
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