发篇cell能不能奖励1350万

热度 34 马省伟 2017-7-1 11:42

6月29日，川农陈学伟团队在cell发表论文。次日，学校发出1350万元重奖陈学伟团队。这一定会引来新一波关于“重奖论文”现象的激烈讨论。 还是要澄清一点，依据川农发布的信息，确认陈学伟和李伟滔作为第二层次人选，连续五年每人每年资助25万元，一次性特支后补助50万，共计300万元 ...

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修改文章那些事

热度 1 马省伟 2017-5-21 21:21

修改文章那些事 今天是周末。8：10闹铃响了，关了，继续设置了30分钟的倒计时，结果睁眼时已然9：50，匆忙起来洗刷下往实验室赶，今天相对往常确实晚了一些。在路上，收到老板的短信，让我找他一下，心里咯噔一些，今天来晚了被注意到了？心里不禁埋怨自己为啥不按闹铃时间起呢。怀着忐忑的心情敲开了门。原来是我们 ...

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计算CDS中密码子的数量

马省伟 2017-4-10 22:03

看到一个现金求助的题目： http://www.timedoo.com/task-id-1194.html 代码如下： 1 #!/usr/bin/env python 2 # -*- coding: utf-8 -*- 3 __author__ = Sheng-Wei Ma 4 5   ...

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给GFF3格式文件添加fasta格式

马省伟 2017-3-31 11:01

给GFF3格式文件添加fasta格式 　　是不是没见过带有序列的gff3格式。为啥这么做，这就要说到我最近在做的东西了。Jbrowse是一款基因组可视化浏览器。可以将基因组可视化以及大部分以基因组为基础的可视化，比如reads、SNP、QTL、GWAS、gene。支持fasta,bam,vcf,gff3等格式文件。说了这么多，给个 实例 ，自己慢 ...

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综述：小麦基因组研究进展

热度 2 马省伟 2017-3-26 23:18

Wheat genomics comes of age 　　刚刚看到英国John Innes Centre的 Cristobal Uauy 在 Current Opinion in Plant Biology发表了一篇小麦基因组学综述文章 Wheat genomics comes of age 。 　　能发表综述的大多是学界牛人。在说作者之前，我想先说说作者的单位，John Innes Centre，约翰英纳斯中心，很多人 ...

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Sambamba: process your BAM data faster!

马省伟 2017-3-25 17:43

Sambamba: process your BAM data faster! 　　对于很大(100G)的bam文件，排序时间很慢不说，往往需要1天或更多的时间，但结果还会出错。如下边的错误. 经测试Sambamba表现较好，能够节省很多时间。随着接触的数据越来越多，感觉很简单的事情也需要花很多时间。不仅仅是数据多了的问题！ 排版不是很好，也 ...

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小麦B基因组的起源

热度 1 马省伟 2017-3-22 22:19

小麦B基因组的起源 　　做小麦研究的基本都知道小麦B基因组之间相对A/D基因组要具有更高的基因组多样性，也即B基因组相对不保守。已经有不少研究探究B基因组的起源问题，当然都是在分子标记基础之上，这里有个别研究认为B基因组是多起源的。随着小麦基因组参考序列的公布以及测序技术的进一步发展，在序列水平上解析B基 ...

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