最近5年小麦有关miRNA

马省伟 2019-3-28 21:53

在 http://apps.webofknowledge.com 搜索的，关键词是 TI=((miRNA OR microRNA OR small RNA) AND (wheat OR Triticum))。 未做进一步的筛选，仅供参考。 看看这些文献，如果有时间还可以看看这些文献里引用的文献，或者在ncbi里查看哪些文献引用了某篇文献。 1 Development of species specific ...

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转录因子富集分析

马省伟 2018-11-13 22:23

转录因子富集分析 转录因子因子富集分析背后的原理与GO，KEGG等富集分析是一样的。 这里还是使用Y叔的R包“clusterProfiler”。 首先我们要知道哪些基因是转录因子，并且属于哪一个转录因子家族。这个信息可以在这里下载(https://pan.baidu.com/s/12Zi-FvySMuaWyM2b9_2yuA)。这个文件中只需要两列，一列是转录 ...

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普通小麦染色体着丝粒位置

马省伟 2018-10-22 22:50

普通小麦染色体着丝粒位置 记得前面有小伙伴问我如何确定着丝粒的位置。今天我就把位置给大家,见下图。 该表来自今年science文章，应该是比较权威的。

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使用salmon和sleuth进行小麦RNA-seq差异表达分析

马省伟 2018-9-27 18:15

blast大家一定熟悉吧, 最近有大神爆出一个bug。也即参数“-max_target_seqs”并不是你理解的那样。下图红色箭头处是NCBI上的设置选项。根据NCBI的官方文件，这个选项是返回前N个最匹配的结果。如果我们设定为1，则表示返回数据库中最匹配的那个。但实际上却不是，该选项意味着返回数据库中第一个匹配良好的结果（si ...

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使用salmon和kallisto进行RNA-seq定量

马省伟 2018-9-7 22:44

salmon软件于2017年发表在Nature Methods，论文题目是“ Salmon provides fast and bias-aware quantification of transcript expression ” 。不到两年的时间被引250多次。 根据文中的描述，salmon要优于kallisto和express软件。 今天我们结合小麦最新的IWGSCv1.1版本的基因集，介绍下其定量流程，与kalli ...

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小麦单基因分析

热度 1 马省伟 2018-8-6 21:46

前面我们谈了如何调取目标区间的序列、基因等。今天我们再详细说一说如何利用手头上的数据进行基于单基因的分析。 今天的主角是GW5，我们前面在《 水稻GW5的前世今生 》里介绍过水稻的GW5基因，今天我们就以小麦里的GW5为例。 下面是水稻GW5的基因序列 LOC_Os05g09520.1 ATGGGCAAGGCGGCGCGGT ...

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统计序列中的gap位置和大小

马省伟 2018-8-3 15:34

支持python3，可用来统计基因组上的gap位置，gap大小。输出格式是gff3。当然根据需要修改print那一行可以输出bed等格式 使用格式如下： python3 getgaps.py genome.fasta gaps.gff3 #!/usr/bin/envpython3 #thiscodewaschangedbasedonbiostar ...

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获取目标染色体区间内的基因和候选基因的筛选策略

马省伟 2018-7-30 09:31

现在小麦做正向遗传要方便很多了。标记开发不是问题，反而表型是关键。 将基因定位到某一区间后，除了开发标记往往还需要先看一看目标区间里的基因有没有疑似的候选基因。 那么如何快速获取候选区间内的基因呢？ 今天我们介绍两种方法。以我们上周介绍的 TaHdm605 的介绍为例（ 普通小麦花期调控基因Ta ...

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