GATK流程不用再分割小麦染色体

马省伟 2020-9-20 22:17

小麦GATK流程不支持小麦整条染色体，主要是指不支持bam文件和vcf文件的index。所以把index问题解决了，问题是不是就解决了呢？ GATK有些步骤会自动index，需要添加参数禁掉 --disable_bam_indexing。 GATK4支持csi的index，所以bam文件可以使用samtools index -c生成.csi格式的index文件。如果还是想要使用.bai格式的文 ...

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综述|植物泛组学:方法、应用与进展

马省伟 2020-3-23 23:15

随着越来越多的植物基因组的组装，人们发现一个单一的参考组装并不能反映一个物种的基因多样性。泛基因组 反映了基因组中的结构变异和多态性，从而能够深入比较物种水平或更高分类水平中的变异。本综述 讨论了当前的关于泛基因组整合、分析和可视化的方法。此外，也探讨了泛基因组在作物改良、进化和生物多样性研究方面 ...

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综述|研究小麦粒重和产量的一种简化方法

热度 1 马省伟 2020-3-23 23:11

最近，Cristobal Uauy 在植物学报英文版（Journal of Integrative Plant Biology）上发表题为“A reductionist approach to dissecting grain weight and yield in wheat”的综述，该综述从多个层面论述了小麦粒重发育过程的影响因子，值得对小麦籽粒发育感兴趣的小伙伴了解下。 增加全球粮食产量是一项 ...

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2019年小麦赤霉病文献汇总

马省伟 2020-1-28 14:09

1 Molecular cytogenetic characterization of wheat-Elymus repens chromosomal translocation lines with resistance to Fusarium head blight and stripe rust. BMC Plant Biol. 2019 Dec 27;19(1):590. doi: 10.1186/s12870-019-2208-x. PMID:31881925 Author : Gong, Biran; Zhu, Wei; Li, Sanyue; Wang, ...

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Nature Genetics发表文章解析现代小麦的起源

马省伟 2019-5-2 17:31

Nature Genetics发表文章解析现代小麦的起源 5月1号Nature Genetics发表了两篇小麦的文章。前几天我们还念叨着一篇文章即将在NG发表( 厉害了|小麦大规模外显子测序 )，没成想在五一假期的第一天就上线了，而且还是双黄蛋，其中一篇“ Exome sequencing highlights the role of wild-relative introgression in sh ...

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厉害了|小麦大规模外显子测序

马省伟 2019-4-29 09:19

厉害了|小麦大规模外显子测序 今天给大家简单介绍一个将要在nature genetic 发表的小麦外显子测序的文章（小道消息）。 某天胖丫，查看NCBI上更新的SRA数据，发现新增了不少小麦方面的数据，其中就有今天我们要介绍的这个项目。 根据上图提供的网站信息（http://wheatgenomics.plantpath.ksu.edu/1000EC/） 点 ...

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错过就可惜了 | NCBI blast 结果页面更新啦

马省伟 2019-4-27 15:30

错过就可惜了 | NCBI blast 结果页面更新啦 先吐槽下题目的前半段，这是标题党。 废话不多数，看图说话。 image-20190427151813607

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PPT可以编辑R画的图了

马省伟 2019-4-21 21:55

PPT可以编辑R画的图了 废话少说，直接进入正题。 输入格式： 至少包括两列，一列是分组信息，一列是表型数据。缺失值使用NA表示。 保存为txt文件(如，genotype_phnotype_input.txt)。 输入文件格式 代码如下，请根据自己的实际情况修改 #加载如下R包 library (ggplot2) library (Hmisc) ...

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最近5年小麦有关miRNA

马省伟 2019-3-28 21:53

在 http://apps.webofknowledge.com 搜索的，关键词是 TI=((miRNA OR microRNA OR small RNA) AND (wheat OR Triticum))。 未做进一步的筛选，仅供参考。 看看这些文献，如果有时间还可以看看这些文献里引用的文献，或者在ncbi里查看哪些文献引用了某篇文献。 1 Development of species specific ...

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