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BSA结合高通量基因芯片分型技术-快速定位基因
马省伟 2017-12-1 09:14
BSA结合高通量基因芯片分型技术-快速定位基因 建辉 最近有好多同行加我好友向我咨询一些有关利用混池进行基因定位方面的具体细节。关于混池方面的论述,个人强烈推荐徐云碧老师发在Plant Biotechnology Journal上的综述,题为“Bulked sample analysis in ...
个人分类: 文献推荐|5835 次阅读|没有评论
一位高龄野路子小麦育种者
热度 5 马省伟 2017-8-13 11:54
今年年初的时候,我冒出一个很大胆的想法:如果小麦的穗像水稻的穗子一样也是分枝穗,那么小麦的穗粒数将达到200-400粒。这样的话,产量不增加才怪呢!而且搞出来的小麦就叫稻麦,像水稻的小麦。后期留意了一下,还有有不少人研究小麦穗分枝,据说有个小麦材料叫“九头麦”,穗粒数很多。当然想要实现这样的想法还有很多 ...
5044 次阅读|6 个评论 热度 5
上哪个学校很重要?
热度 3 马省伟 2017-7-19 01:14
上哪个学校很很很很重要! r上哪个学校真的很重要,千万不要自我安慰,也不要高估自己的能力。如果有的选,还是选好一点的学校,选好一点的导师。 如果A校和B校是分别国际排名第一,第二的牛逼学校,现在你要从这俩货中选择其一,选个第二也无妨。如果A校是国际一流,而B校是镇一流,现在你可以选则一个,选哪个 ...
3277 次阅读|3 个评论 热度 3
修改文章那些事
热度 1 马省伟 2017-5-21 21:21
修改文章那些事 今天是周末。8:10闹铃响了,关了,继续设置了30分钟的倒计时,结果睁眼时已然9:50,匆忙起来洗刷下往实验室赶,今天相对往常确实晚了一些。在路上,收到老板的短信,让我找他一下,心里咯噔一些,今天来晚了被注意到了?心里不禁埋怨自己为啥不按闹铃时间起呢。怀着忐忑的心情敲开了门。原来是我们 ...
3149 次阅读|1 个评论 热度 1
计算CDS中密码子的数量
马省伟 2017-4-10 22:03
看到一个现金求助的题目: http://www.timedoo.com/task-id-1194.html 代码如下: 1 #!/usr/bin/env python 2 # -*- coding: utf-8 -*- 3 __author__ = Sheng-Wei Ma 4 5   ...
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给GFF3格式文件添加fasta格式
马省伟 2017-3-31 11:01
给GFF3格式文件添加fasta格式   是不是没见过带有序列的gff3格式。为啥这么做,这就要说到我最近在做的东西了。Jbrowse是一款基因组可视化浏览器。可以将基因组可视化以及大部分以基因组为基础的可视化,比如reads、SNP、QTL、GWAS、gene。支持fasta,bam,vcf,gff3等格式文件。说了这么多,给个 实例 ,自己慢 ...
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Sambamba: process your BAM data faster!
马省伟 2017-3-25 17:43
Sambamba: process your BAM data faster!   对于很大(100G)的bam文件,排序时间很慢不说,往往需要1天或更多的时间,但结果还会出错。如下边的错误. 经测试Sambamba表现较好,能够节省很多时间。随着接触的数据越来越多,感觉很简单的事情也需要花很多时间。不仅仅是数据多了的问题! 排版不是很好,也 ...
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二代测序短序列mapping新选择:Magic-BLAST
热度 1 马省伟 2017-3-3 17:47
Magic-BLAST is a tool for mapping large next-generation RNA or DNA sequencing runs against a whole genome or transcriptome. 前面一段 时间看到NCBI上blast出了一个新系列,短序列的mapping。基本与blast使用体验一致。Magic-BLAST 也适用于长片段mapping,比如EST。最好调整默认的参数。 科学网博客 ...
6718 次阅读|4 个评论 热度 1
fasta转成txt
马省伟 2017-2-10 23:10
fasta转成txt 有的时候需要将fasta格式的序列文件转换成以tab键分割的txt文件 写了一个简单的命令。用法如下: fasta2txt -i input.fa -o out.txt 代码如下 #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- __author__ ...
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