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小麦研究联盟倾情打造小麦族多组学数据网站

已有 7406 次阅读 2018-4-25 21:16 |系统分类:科研笔记| 小麦族, 基因组, 网站, jbrowse

2016年4月23号,我们申请了公众号,2017年7月1号算是正式开张,至今算是开张300天。300天前,我们希望能够为小麦研究尽一份力;300天后,我们的愿望还是一样。

2017年小麦族几个主要物种的基因组陆续完成测序,尽管文章已经发表,但是目前对这些数据的利用还不是特别方便。鉴于此,我们萌生了为小麦族物种基因组建立网站的想法。除了这些基因组方面的数据,其他方面的数据,如重测序数据,转录组数据,表观遗传学数据,小RNA数据等组学数据也是日益增多,而这些数据的再利用能够加快我们的研究。鉴于此,我们打算成立一个小麦族多组学数据中心,整合各种组学数据,方便大家使用。

今天我们正式宣布上线小麦族多组学数据网站。我们并没有选择让网站非常完善时上线,也没有等到相关文章发表时公布,因为我们做这样一件事,初衷不是为了发文章,尽管我们也知道现如今是文章当道,没有文章就没有路。当然了,我们也希望以后能够就这方面的工作发一发文章。现在呢,我们希望以最快的速度上线,更快的让我们的同行们使用上。

然而网站的上线仅仅是一个开始,功能和数据还需要不断完善,更需要大家的使用建议,我们需要不断完善和更新数据。我们更欢迎有兴趣有能力的同行加入我们,共同建设。另外,我们也非常欢迎大家分享数据给我们。

无论是问题还是建议,大家可以在我们的微信群里反映,或者微信联系 “wheatgenome”,或者使用网站上的邮箱联系我们.

网站目前的地址是http://202.194.139.32/,山东农业大学作物生物学国家重点实验室提供了硬件支持。对于这样一个网站,我们有很多很多想法,希望最终能够打造成一个立体化的网站。你想要的,这里都有。罗马不是一日建成的,我们还是需要时间和更多的大神一起来完成。



网站目前支持大麦基因组和基因,节节麦基因组和基因,野生二粒小麦基因组和基因,中国春基因组1.0和基因。目前可以进行blast,基因表达数据获取,序列获取以及jbrowse。后面我们分批次介绍网站的使用。







最后要特别提醒一下,由于中国春IWGSCv1.0的文章还没正式发表,所以使用它的数据一定要遵守他的协议https://wheat-urgi.versailles.inra.fr/Seq-Repository/Assemblies)。




http://wap.sciencenet.cn/blog-1094241-1110898.html

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1 蒋新正

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