编织研究：研究合成未来的可视化

崔雷 2020-2-27 17:33

Research Weaving: Visualizing the Future of Research Synthes 1:NakagawaS,SamarasingheG,HaddawayNR,WestgateMJ,O'DeaRE,NobleDWA, LagiszM.ResearchWeaving:VisualizingtheFuture&n ...

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新兴的科研整合网络的结构【译文】

崔雷 2019-9-9 14:53

科学研究通常被认为是由追求学科进步的个人和小团队进行的。然而，作为一个整体，这种努力更像是一个由人、论文和思想整合而成的复杂体系。共同作者和引用网络的研究揭示了研究人员和文章的重要结构特征，但目前科学思想本身的结构尚不清楚。本研究认为主题网络可能是揭示概念关系本质的有用框架。使用这个框架，我们绘制 ...

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OntoPlot：大型本体中非层次关联的一种新型可视化（译文）

崔雷 2019-9-8 10:34

本体是概念及其复杂关系的正式表示。它们被广泛用于捕获生物医学等领域的综合领域知识，其中大型复杂的本体可以包含数十万个概念。特别是由于本体体量较大，可视化对于创建、探索和理解其基础数据非常有用。现有的本体可视化工具通常关注于层次结构，对非层次关联的重视程度较低。在本文中，我们介绍了 OntoPlot ，这是 ...

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利用文献生成耐受性细胞治疗知识图【译文】

崔雷 2017-12-20 15:49

Generating a Tolerogenic Cell Therapy Knowledge Graph from Literature 利用文献生成耐受性细胞治疗知识图 在对自动免疫性疾病治疗中，耐受性细胞疗法提供了与传统免疫抑制治疗不一样的途径，并且解决了对器官或者干细胞移植物的排斥。 知识图就是一种利用文本挖掘方法将不同信息资源联系起来的方法，它可 ...

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量化药物的化学之美（译文）

热度 1 崔雷 2015-4-13 14:02

Quantifying the chemical beauty of drugs. Bickerton GR , Paolini GV , Besnard J , Muresan S , Hopkins AL Nat Chem. 2012 Feb; 4(2):90-8 摘要：“与药物相似”（ Drug-likeness ） 是药物发现早期选择化合物时的关键考量。但是，绝对意义上的药物相似性评价不能恰当地反映化合物 ...

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为什么Hubs（中心蛋白质）在蛋白质网络中易于成为必要蛋白质

崔雷 2011-1-10 11:05

概述 网络由多个节点相互连接而成。大多数复杂网络都是无标度网络，这种网络中各个节点所拥有的边数呈幂律分布，就是说，在一个无标度网络中，有一小部分节点有较多的连接，我们称之为 hub （车轮轮辐的中心，或者网络中的集线器，本文中译作中心节点），而大量的节点则有较少的连接，我们称这些节点为非 hub 节 ...

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蛋白质网络中的中心-致死法则【译文】

崔雷 2011-1-7 13:40

传统上，人们对蛋白质的分析都是基于单个蛋白质的作用的，如把它当做细胞或者微生物的催化剂、信号分子或者构建模块，然而在当今的后基因组时代，我们对蛋白质的认识扩展到了将其作为蛋白质相互作用网络中的元素，在网络中，蛋白质在功能模块中具有相关的或者分子上的功能。这里，我们显示了酿酒酵母菌单基因缺失的表型后 ...

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CLUTO说明书节译

热度 4 崔雷 2010-12-24 12:34

一个聚类分析的软件，发现有些文本聚类的论文采用这个软件。 个人感觉它的优点是：1.对行和列同时聚类；2.提供对类别的描述；3.对聚类效果有评价比较的参数，如类内相似度，类间相似度等。 它的图形化版本就是gCLUTO。 概述 聚类算法把 ...

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词和论文同时聚类告诉我们什么了？

热度 1 崔雷 2010-11-19 09:55

最初的目的，是想研究一下如何利用主题词关联规则从文章中抽取informative sentence。 首先，选定一个主题阿司匹林引起胃肠道出血，在PubMed中输入了检索词： Aspirin/adverse effects AND Gastrointestinal Hemorrhage/chemically induced 并限定要有文摘的文献记录，得到了1 ...

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