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JGG|区域性表达的基因:基于图的单细胞特征基因选择方法
热度 1 古槿 2022-4-11 08:09
区域性表达的基因:基于图的单细胞特征基因选择方法 近年来,单细胞转录组测序技术的突破性进展,使得人们对生命规律的系统性解析进入单细胞时代。单细胞转录组测序数据分析存在维度高、噪声大等挑战,选择出更具生物学意义的特征基因是分析的关键步骤,目前主流的方法是选择方差大的基因( highly varia ...
3405 次阅读|1 个评论 热度 1
组学大数据定义肝癌尿素循环失活新亚型
古槿 2021-9-26 16:34
标题:组学大数据定义肝癌尿素循环失活新亚型 组学大数据正在推动恶性肿瘤等重大疾病研究模式的变革,希望从分子水平重新定义肿瘤分型、发现新的治疗靶点。国际上多个国家都先后启动了癌症基因组研究计划,形成了国际癌症基因组联盟( International Cancer Genome Consortium ,简称 ICGC )等多个国际性研 ...
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肿瘤免疫微环境的空间异质性:单细胞组学分析发现肿瘤边界区富集的T细胞亚群可预测肝癌患者预后
古槿 2020-5-23 01:18
肿瘤免疫微环境 空间异质性 :单细胞组学分析发现肿瘤边界区富集的 T 细胞亚群可预测肝癌患者预后 导言:肿瘤边界区域是免疫细胞与肿瘤激烈战斗的前线,通过比较肿瘤边界区免疫微环境与癌旁区域、肿瘤内部区域免疫细胞亚群的变化,发现 CD4 、 CD8 双阳性 T 细胞( CD45R ...
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基于变分自编码器的单细胞转录组低维表示与可视化
古槿 2018-12-28 14:31
近年来,单细胞RNA测序技术(scRNA-seq)的迅速发展使得研究人员能够在单细胞层次上研究生物系统的转录异质性,这种信息通常难以通过传统的组学数据获得。然而,在单细胞层次上,转录组的随机波动会远远大于细胞群体的平均行为,另一方面,单个细胞的RNA总量极低,使得其准确测量极具挑战,因此目前的单细胞测序数据存在很大 ...
个人分类: 科研笔记|3625 次阅读|没有评论
HCCDB--打造一站式检索的肝癌基因表达图谱
古槿 2018-7-24 09:39
HCCDB--打造一站式检索的肝癌基因表达图谱 1、大规模肝细胞癌(HCC)基因表达图谱发布,包含近四千例临床样本基因表达数据。 2、克服可重复性难题,建立HCC一致差异表达图谱。分析表明,在HCC中发生一致下调的基因集中在代谢通路、脂肪酸降解等通路,一致高表达的集中在细胞周期相关的通路。 3 ...
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SCRL:单细胞转录组数据的表示学习
热度 3 古槿 2017-8-19 23:55
SCRL :单细胞转录组数据的表示学习 单细胞转录组数据为我们进行细胞异质性的研究提供了强有力的工具,在处理这样一个高维的数据时,一个常用的策略是将这些细胞投影到低维的空间上。但是,与传统的 转录组测序相比,单细胞测序技术噪声很大,使得单细胞转录组数据包含大量的 dropout 事件(导致基因表达量为 0 ...
9385 次阅读|3 个评论 热度 3
极具潜力的癌症分子标志物:DNA甲基化
热度 1 古槿 2016-11-3 13:48
极具潜力的癌症分子标志物:DNA 甲基化 临床上,原发性肝细胞癌(hepatocellularcarcinoma )目前仅有两个常用的分子标志物AFP (甲胎蛋白)和SF (铁蛋白),均是上世纪60 、70 年代发现的。在找肝癌分子标志物的相关研究中,很大一部分都是找基于遗传物质的分子标志物,但是很难将这些分子标志物与临床的 ...
8677 次阅读|1 个评论 热度 1
DNA修复机制是癌症治疗的双刃剑:TCGA临床药物响应分析的启示
热度 4 古槿 2016-5-27 12:15
基因组坏了,修还是不修?这是个问题。 顺铂( cisplatin )是常用化疗药,会进入细胞核与DNA结合,导致基因组损伤,进而引起细胞死亡。DNA修复通路是维持基因组稳定性的重要机制,但这套机制对顺铂引起的基因组损伤也可以进行修复,减少因基因组破坏导致的癌细胞死亡;同时顺铂引起的基因组变化被修复成了 ...
个人分类: 科研笔记|9282 次阅读|7 个评论 热度 4
LRAcluster:基于低秩近似的多组学数据快速降维与聚类分析
古槿 2015-7-5 19:27
基于低秩近似的多组学数据快速降维与聚类分析 LRAcluster优点 :能处理Gaussian、Possion、Binomial分布;速度快;保证低维空间正交 适用于大规模多组学数据的整合分析!欢迎使用! http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/software/lracluster ============================================= Fast dim ...
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利用差异基因表达模块识别抑癌的miRNA
热度 1 古槿 2014-10-5 21:40
miRNA是一种内源性的起重要调控功能的非编码RNA,发现能起到抑癌作用的miRNA对理解癌症的基因调控网络、发展新的癌症干预方法重要的意义。能对在癌组织中发生差异表达的基因起到广泛调控作用的miRNA可以被认为是与癌的发生发展相关的miRNA,但由于癌细胞中调控网络的复杂性,直接分析miRNA靶基因在差异表达基因中的富集度 ...
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