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我的第一个转录组分析
张梦杰 2020-4-29 15:54
###准备工作:Linux服务器,window操作系统/MAC/linux虚拟机 读文献,找到GEO编号对应的SRR。此次流程中用到的是SRR1039510SRR1039511SRR1039512。 实际分析中可能有多个SRR样本对应着多个SRR编号,那么要找到accession list,将其下载下来,通过 filezilla/winscp等ftp传输软件上传到Linux ...
个人分类: Transcriptome|1441 次阅读|没有评论
GEO分析第一弹
张梦杰 2020-4-18 19:36
#step 1--------下载GSE4107的芯片数据--------------- library(Biobase);library(BiocGenerics);library(parallel)#GEOquery的依赖包 library(GEOquery) gse="GSE4107"#将GSE4107赋值给gse eSet <- getGEO(gse,destdir = ".", getGPL = F)#使用getGEO函数下载表达数据(此时并不是表达矩阵) #(1)使用exprs()函 ...
个人分类: GEO|991 次阅读|没有评论
学习R语言的第一步:安装软件+安装包
张梦杰 2020-4-16 21:07
R是最容易入门和作图的软件,关键R是free的!那么,如何学习R呢? 第一,根据你的电脑安装R和Rstudio。(Windows、Mac、Linux) 第二,选择在Rstudio中操作。 第三,在Rstudio--tools--globalsetting--packages选择中科大、清华(较好的镜像)镜像; 第四,在globalsetting中可调节字体等普通设置。 第五 ...
个人分类: R|1138 次阅读|没有评论

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