均相时间分辨荧光HTRF技术理解

冯凌 2020-4-6 21:58

HTRF供体选用的是稀土元素，其荧光发射时间远比普通荧光基团发射时间长。因此在延迟一段时间之后，进行荧光检测，基本避免了系统中其他荧光信号的影响。如图，给体在受到激发之后除了自身发射荧光之外，当受体距离较近时，给体会向受体发生荧光共振能量转移， ...

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VMD 使用总结

冯凌 2020-3-24 14:48

（1）使用VMD输出高分辨率图片 File-Render，Render the current scene using中选择Tachyon，在Render Command里命令后面加入“-res 2048 2048”，点击Start Rendering即可。分辨率可以根据图片要求随意调节。

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HADDOCK使用总结

冯凌 2020-3-21 09:26

（1）关键结果文件目录： 保存的结果文件中，有一个index文件，可以以网页形式打开，里面有最基本的一些数据。但是网站上提供的是排名前10类构象的得分的类大小情况，当聚类数目大于10时，其他情况不太好的类的相关信息，可以在结果文件夹里查找： 所有类的HADDOCK SCORE得分： job_name\structures\it1\cluste ...

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动力学模拟中残基的磷酸化

冯凌 2019-5-22 11:25

根据以往的实验结果，磷酸化残基的第二个质子的pKa大约在6左右。因此在中性条件下，磷酸化的残基大部分以无质子的负二价磷酸盐存在，少部分以带一个质子的负一价磷酸盐存在。使用相关软件处理相关残基时，软件一般都会默认处理成无质子的负二价磷酸盐。 参考文献：（1）N. Homeyer, A ...

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[AMBER]体系径向分布计算

冯凌 2019-2-22 22:16

1. 计算体系中水的径向分布 parm 拓扑文件名 trajin 轨迹文件名 radial 输出文件名 0.1 20 :WAT@O volume 注意：（1）最好加上volume参数，这是使用输入文件的体系密度进行对比。假如不使用volume参数，则会使用水的密度0.033456进行对比，这时候计算出来的结果经常不趋近于1. （2）计算量消耗较大， ...

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溶解和混溶

冯凌 2019-2-21 15:33

溶解是溶质分散于溶剂成为溶液的过程，溶质具有一定的溶解度。 混溶就是几种物质混在一起，可以以任意比例相互融合的现象。

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[转载]adobe-PDF问题集锦

冯凌 2019-2-18 15:23

问题1 ： PDF文件在Adobe Acrobat Pro中设置背景颜色后，出现白色的线，是什么原因？如何解决？ 解决方法： pro X版本，辅助工具修改背景后，有很多白色的条形，后来取消了“页面显示/使用2D图形加 速”，之后就OK了，网上没有任何求解的，记录下来，以飨读者。

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使用Amber计算溶剂可及表面（SASA）

冯凌 2019-1-17 14:52

使用Amber软件进行动力学模拟之后，有时会对轨迹的蛋白溶剂可及表面（SASA）进行分析，Amber软件中提供了两种方法进行计算，分别是molsulf和surf，下面简要介绍一下这两个算法的特点及应用： （1）当计算比较整个蛋白的溶剂可及表面时，推荐使用molsurf算法，因为surf算法比较陈旧，molsurf算法更新也更准确；注意，mo ...

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使用VI插入列

冯凌 2018-10-6 15:33

当PDB文件中缺少chain时，我们需要在PDB文件中加入A，B或C等，此时我们可以使用VI进行处理，步骤如下： 第一步: 移动光标到插入的位置 第二步: 按 CTRL+v 进入Visual block模式 第三步:按 j 一次或多次，选择哪些行需要插入列，假如文件从头到尾需要全部插入某列，则需要一直按 j，比较麻烦&nbs ...

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