科学网

 找回密码
  注册
均相时间分辨荧光HTRF技术理解
冯凌 2020-4-6 21:58
HTRF供体选用的是稀土元素,其荧光发射时间远比普通荧光基团发射时间长。因此在延迟一段时间之后,进行荧光检测,基本避免了系统中其他荧光信号的影响。如图,给体在受到激发之后除了自身发射荧光之外,当受体距离较近时,给体会向受体发生荧光共振能量转移, ...
个人分类: 生物实验|3855 次阅读|没有评论
VMD 使用总结
冯凌 2020-3-24 14:48
(1)使用VMD输出高分辨率图片 File-Render,Render the current scene using中选择Tachyon,在Render Command里命令后面加入“-res 2048 2048”,点击Start Rendering即可。分辨率可以根据图片要求随意调节。
4019 次阅读|没有评论
HADDOCK使用总结
冯凌 2020-3-21 09:26
(1)关键结果文件目录: 保存的结果文件中,有一个index文件,可以以网页形式打开,里面有最基本的一些数据。但是网站上提供的是排名前10类构象的得分的类大小情况,当聚类数目大于10时,其他情况不太好的类的相关信息,可以在结果文件夹里查找: 所有类的HADDOCK SCORE得分: job_name\structures\it1\cluste ...
4981 次阅读|没有评论
动力学模拟中残基的磷酸化
冯凌 2019-5-22 11:25
根据以往的实验结果,磷酸化残基的第二个质子的pKa大约在6左右。因此在中性条件下,磷酸化的残基大部分以无质子的负二价磷酸盐存在,少部分以带一个质子的负一价磷酸盐存在。使用相关软件处理相关残基时,软件一般都会默认处理成无质子的负二价磷酸盐。 参考文献:(1)N. Homeyer, A ...
2877 次阅读|没有评论
[AMBER]体系径向分布计算
冯凌 2019-2-22 22:16
1. 计算体系中水的径向分布 parm 拓扑文件名 trajin 轨迹文件名 radial 输出文件名 0.1 20 :WAT@O volume 注意:(1)最好加上volume参数,这是使用输入文件的体系密度进行对比。假如不使用volume参数,则会使用水的密度0.033456进行对比,这时候计算出来的结果经常不趋近于1. (2)计算量消耗较大, ...
1717 次阅读|没有评论
溶解和混溶
冯凌 2019-2-21 15:33
溶解是溶质分散于溶剂成为溶液的过程,溶质具有一定的溶解度。 混溶就是几种物质混在一起,可以以任意比例相互融合的现象。
4174 次阅读|没有评论
[转载]adobe-PDF问题集锦
冯凌 2019-2-18 15:23
问题1 : PDF文件在Adobe Acrobat Pro中设置背景颜色后,出现白色的线,是什么原因?如何解决? 解决方法: pro X版本,辅助工具修改背景后,有很多白色的条形,后来取消了“页面显示/使用2D图形加 速”,之后就OK了,网上没有任何求解的,记录下来,以飨读者。
1586 次阅读|没有评论
使用Amber计算溶剂可及表面(SASA)
冯凌 2019-1-17 14:52
使用Amber软件进行动力学模拟之后,有时会对轨迹的蛋白溶剂可及表面(SASA)进行分析,Amber软件中提供了两种方法进行计算,分别是molsulf和surf,下面简要介绍一下这两个算法的特点及应用: (1)当计算比较整个蛋白的溶剂可及表面时,推荐使用molsurf算法,因为surf算法比较陈旧,molsurf算法更新也更准确;注意,mo ...
5387 次阅读|没有评论
使用VI插入列
冯凌 2018-10-6 15:33
当PDB文件中缺少chain时,我们需要在PDB文件中加入A,B或C等,此时我们可以使用VI进行处理,步骤如下: 第一步: 移动光标到插入的位置 第二步: 按 CTRL+v 进入Visual block模式 第三步:按 j 一次或多次,选择哪些行需要插入列,假如文件从头到尾需要全部插入某列,则需要一直按 j,比较麻烦&nbs ...
个人分类: linux学习|1479 次阅读|没有评论

本页有 1 篇博文因作者的隐私设置或未通过审核而隐藏

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2023-2-7 08:59

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部