置顶 · 薛良交-南京林业大学林学院

2019-11-6 20:06

http://linxue.njfu.edu.cn/sz/ShowJs.asp?id=358 http://linxue.njfu.edu.cn/info.php?cid=117 姓名： 薛良交 系别： 林木遗传育种系 职务： 教师 类别： 教授 最终学历： 博士研究生 最终学位： 理学博士 办公电话： 电子邮箱： lxue@njfu.edu.cn 教育经历： ...

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2023年推免生、研究生招生 方向：生物信息学、基因组学

薛良交 2022-7-10 09:04

暑期是各个学校开展夏令营的季节 目标只有一个：吸引优质生源。 夏令营都比较官方，需要各种资质。作为课题组，我们就以“交流小组”的形式吧。 话不多说，上链接：） 欢迎对生物信息学和基因组学感兴趣的同学联系 南林基因组学前沿交流小组 目标： 了解领域前沿，明确未来方向 时间： 2022年8月上旬（ ...

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欢迎2022年推免生联系 方向：生物信息学、功能基因组学

薛良交 2021-8-22 08:40

酒香不怕巷子深，实际是一种升维的思路。 巷子是路的阻碍，可以是理解成二维的阻隔。香气是三维空间的信息传递，降维打击、无往不胜。 所以要多渠道宣传，才能实现效果。 这是我们实验室的简介链接： https://linxue.njfu.edu.cn/szdw/js/20210329/i207424.html 研究领域： 林木功能基因组学、林木生物 ...

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新基因 vs 新功能

薛良交 2019-8-21 10:29

从微信公众号上，可以读到不少科研方面的最新进展。今天读到一篇文献是关于我博士阶段研究的一个基因。 随着研究的深入，这个基因的功能被逐步发现，而自己当时由于研究重点的不同，没有关注这些方面的功能研究。另外，当时还比较注重研究新的基因。现在看来，得到新的基因是越来越难，而基因新功能的发现是无穷无 ...

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Racon安装（基因组组装）

薛良交 2019-5-13 22:24

答案： conda install -c bioconda racon Racon是一个基于minimap和miniasm的，构建一致性序列（consensus）的一款软件，速度快是其特点。 一般这样就可以了。 # Install minimap and miniasm (requiring gcc and zlib) git clone https://github.com/lh3/minimap (cd minimap make) git c ...

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PacBio数据处理中chemistry 组合错误

薛良交 2018-3-17 07:05

运行PacBio的软件时， 有时会得到这样的错误信息“unsupported sequencing chemistry combination ”。 这是由于软件对特定的数据不支持造成的。解决方法如下： 1. 下载补丁包 https://blog.ngsgo.com/archives/2767.html 2. 下载最新的 chemistry文件： https://github.com/PacificBiosciences/pbcore/blob/mas ...

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How to covert snp file from MUMmer into VCF format

薛良交 2016-9-1 05:47

How to covert snp file from MUMmer into VCF format By Liangjiao Xue MUMmer is a traditional software to compare two genomes or assemblies. One SNP table could be generated with show- snps tool, which also includes Indel information. Generally, VCF format is more popular currently. So, we ne ...

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第三代测序的组装方法（PacBio）

薛良交 2015-12-12 12:14

PacBio最近有不俗的表现，发了些好文章，股价也节节攀升。 作为生物信息学工作者，咱就关注一下PacBio的数据是如何组装的。做些知识储备。 这里有组装策略的总结： https://github.com/PacificBiosciences/Bioinformatics-Training/wiki/Large-Genome-Assembly-with-PacBio-Long-Reads 主要有四种：1）PacBio-on ...

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