科学网—yijiaobai的博文

设为首页收藏本站

开启辅助访问切换到宽版

科学网 › 我的中心 › 博文 › yijiaobai的博文

yijiaobai

https://wap.sciencenet.cn/?2577109

农学统计| 杂谈| 随感| 翻译博客| 便捷操作| 文献解析| Python和Julia学习| R语言| 数量遗传学| 机器学习| GWAS|

全基因组选择介绍及实践-2：构建H矩阵: 邓飞 2019-3-2 11:58; 1, 编者自语 H矩阵作为一步法的入门技术, 是需要掌握的, 本文以一篇文献为例, 介绍如何从头构建H矩阵. 文章包括H矩阵推导过程和代码实现. 2, H矩阵定义基因组选择中, GBLUP的一个挑战是, 在参考群构建时, 需要两步, 第一步根据系谱和表型数据, 计算出伪数据(pseudo-data)(比如, 根据系谱计算公牛的女儿产奶偏差作为表 ...; 个人分类: 数量遗传学|3891 次阅读|没有评论

全基因组选择介绍及实践-1: 邓飞 2019-3-2 11:57; 1, 序言这篇是基因组选择的理论加实践，因为我看到一句话，Talk is cheap. Show me the code，很有感触，有感而写。使用的包是R的sommer和asreml，其实强健的还是成熟的软件，比如DMU，BLUPF90，PIBLUP，ASreml等，但sommer作为基本功能的演示，非常合适。 2, 定义基因组选择(Genomic Selection, GS), 利用覆盖全基 ...; 个人分类: 数量遗传学|13928 次阅读|没有评论

单性状动物模型矩阵形式计算BLUP值: 邓飞 2018-12-21 20:49; 段子: 同事去大骨头, 吃过之后进行了抽奖, 然后向我炫耀, 看我抽到了一个小猪佩奇. 照片如下: 我看过之后, 冷静的说, 首先, 我们去吃饭, 奖品都是送的, 不需要抽奖的. 其次, 这是乔治, 不是佩奇. 1, 数据这次使用一个PPT里面的数据,用R语言演示一下如何做BLUP值计算. 下面是生成数据的代码 Chang& ...; 个人分类: 数量遗传学|3838 次阅读|没有评论

重复测量数据的分析方法（裂区试验、调和GG法、混合线性模型）: 邓飞 2016-12-26 14:18; 重复测量数据的分析方法这里主要介绍了重复测量数据的分析方法，分别是：一般线性模型：方差分析：这里采用了裂区试验的分析方法矫正方差分析：通过Greeenhouse-Geisser法对裂区方差分析的F值进行矫正多元分析：条件不满足时可以通过多元分析的方法进行分析混合线性模型：协方差结构：Uniform correlation 协方 ...; 个人分类: 农学统计|14440 次阅读|没有评论

增广试验设计（augmented design）分析流程（R、GenStat、SAS）: 邓飞 2016-12-15 19:54; 数据：这三个数据内容是一致的。 data.txt data.gsh data.xlsx 参考资料： SASprogramAugDes.pdf R代码：用R语言包进行增广设计数据分析.R R语言生成的结果： R语言处理的结果.csv R语言分析的结果主要是根据一般线性模型，其实质是对方差分析的进一步调整，所谓的调和均值，其实就是混线性 ...; 个人分类: 农学统计|7100 次阅读|没有评论

无人机大批量采集玉米表型数据（文献解析）: 邓飞 2016-7-31 17:19; 对于田间试验和农业数据分析，请加入下面QQ群：VSNC GenStat 交流群 203276907 快速加入群，可以点击这个链接，里面有大量的资料可以下载和交流：点击链接加入群【VSNC GenStat 交流群】： https://jq.qq.com/?_wv=1027k=42XYzLq 利用空中摄像传感等方法批量获得玉米表型数据 Remote, ae ...; 个人分类: 文献解析|5606 次阅读|没有评论

GenStat软件介绍: 邓飞 2016-1-11 11:17; GenStat GenStat历史悠久，20世纪60年代由英国洛桑试验站的科学家们研发，不断更新完善的产品功能使其始终活跃于生物统计学技术的最前沿。GenStat的升级更新都紧紧围绕农业科学家的科研需求，包括方差分析、试验设计、大量的多变量分析技术及线性混合模型分析。软件广泛应用于植物学、生态学、资源环境 ...; 个人分类: 翻译博客|14445 次阅读|没有评论

双标图GGE分析在农作物品种多点试验中的应用（综述）: 邓飞 2016-1-7 09:39; 杂志：作物学报发表单位：加拿大农业部加东粮油中心发表时间： 2010 年 8 月双标图经常用于农作物多点试验的数据分析，严威凯老师开发了一个名为 GGE-biplot 的软件，但软件没有相关的使用教程，操作不便， GenStat 软件完全可以实现它的功能。本次文献解读介绍怎么用 GenStat 实现 GGE 双标图。 ...; 个人分类: 农学统计|4857 次阅读|没有评论

不完全双列杂交NCⅡ设计的数据处理方法: 邓飞 2015-12-28 10:52; 不完全双列杂交 NC Ⅱ设计的数据处理方法在育种过程中，经常需要通过试验设计评价种质资源的遗传特性 , 培育和引进自交系的好坏，不完全双列杂交用于评价种质遗传结构和配合力十分有用。不完全双列杂交是指把供试亲本按试验要求分为两组，只进行组间杂交，不进行组内杂交。在培育品种的过程中，常 ...; 个人分类: 农学统计|9099 次阅读|没有评论

会议

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-4-29 12:09

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部