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单细胞RNA测序的大规模基准测试分析: 张俊鹏 2025-12-1 09:26; 单细胞 RNA 测序的大规模基准测试分析随着单细胞 RNA 测序（ scRNA-seq ）进入其青少年时期，我们正在见证实验和数据集的规模和复杂性的快速增长。事实上，早期的 scRNA-seq 包括数百到数千个细胞，通常在单一条件下，没有生物复制。而当代的实验包括来自多个个体的细胞，测量各种条件（例如，治疗 ...; 个人分类: 科普|1606 次阅读|没有评论

转录组学的生物信息学视角：批量与单细胞 RNA 测序分析的全面综述: 张俊鹏 2025-12-1 09:22; 转录组学的生物信息学视角：批量与单细胞 RNA 测序分析的全面综述转录组是一个动态且复杂的实体，在细胞生物学中起着核心作用。转录组由细胞合成的全套 RNA 分子组成，并影响各种细胞过程。转录组的显著适应性使细胞能够根据内部信号、环境压力和发育信号精细调节基因表达。理解这些转录组动态是深 ...; 个人分类: 科普|2536 次阅读|没有评论

SDMap：空间药物扰动图谱数据库: 热度 1 张俊鹏 2025-11-27 14:34; SDMap ：空间药物扰动图谱数据库组织内细胞的组成、空间排列、状态和相互作用高度异质性，而这种异质性正是导致细胞药物反应差异和治疗效果多样性的关键驱动因素。 Arora 等人整合空间转录组学 (ST) 数据揭示了肿瘤核心和边缘的结构，这可以预测生存率和靶向治疗的反应。 Shiau 等人对胰腺癌进行了 ...; 个人分类: 科普|1908 次阅读|1 个评论热度 1

DAZZLE：使用 dropout 增强改进基因调控网络推理: 张俊鹏 2025-11-24 10:01; DAZZLE ：使用 dropout 增强改进基因调控网络推理从表达数据中推断基因调控网络（ GRN ）提供了体内基因间相互作用的上下文模型。理解这些相互作用对于深入了解发育、病理以及可能适合治疗干预的关键调控点至关重要。虽然基于批量转录组数据推断调控网络（ GRN ）已有较长的历史， ...; 个人分类: 科普|1936 次阅读|没有评论

scUnified：单细胞数据分析的AI标准化资源: 张俊鹏 2025-11-22 20:39; scUnified ：单细胞数据分析的 AI 标准化资源随着单细胞 RNA 测序（ scRNA-seq ）技术的快速发展，现在可以在前所未有的分辨率下表征复杂细胞群体及其功能状态。尽管 scRNA-seq 数据本质上具有高维性、稀疏性，且易受大量技术噪声的影响，但它们捕获了丰富的生物信息，为研究细胞异质性和阐 ...; 个人分类: 科普|1790 次阅读|没有评论

GraphComm：使用图深度学习方法预测细胞通讯: 张俊鹏 2025-11-22 20:37; GraphComm ：使用图深度学习方法预测细胞通讯了解多细胞生物及其功能能力需要深入了解细胞活动。这可以通过研究将诱导反应和下游效应的信号事件来实现。最常研究的信号传导事件通常涉及分泌配体与同源受体的结合，以细胞间（旁分泌）或细胞内（自分泌）方式结合。这些配体 - 受体相互作用在生物学中的重 ...; 个人分类: 科普|1597 次阅读|没有评论

药物-疾病网络与药物再利用: 张俊鹏 2025-11-19 09:15; 药物 - 疾病网络与药物再利用药物再利用，即寻找现有药物的新用途，是药物开发领域的重要组成部分。药物再利用的一个基本部分过程是识别有潜力的候选药物，大量工作已投入到开发用于执行此任务的计算和统计方法中。关于药物再利用，研究者们使用网络科学这一新兴领域中的工具来处理这个问题，将其视为在 ...; 个人分类: 科普|1435 次阅读|没有评论

SMTdb：癌症空间元转录组资源: 张俊鹏 2025-11-17 09:57; SMTdb ：癌症空间元转录组资源肿瘤微环境（ Tumor Microenvironment ， TME ）是肿瘤周围复杂的环境，由多种成分组成，包括肿瘤细胞、间质组织和细胞外基质。 TME 中免疫和非免疫细胞分泌的多种因子驱动肿瘤的炎症、免疫抑制和促血管生成的内部环境。大量研究证实，肿瘤细胞与免疫细胞之间的相互作 ...; 个人分类: 科普|1251 次阅读|没有评论

BiomarkerML：生物标志物发现的蛋白质组学机器学习工作流: 张俊鹏 2025-11-17 09:55; BiomarkerML ：生物标志物发现的蛋白质组学机器学习工作流质谱（ MS ）和基于亲和力的蛋白质组学技术，如 Olink 和 SomaScan ，通过能够同时测量来自大型临床队列的许多样本中的数千种蛋白质，加速了生物标志物发现领域的发展。这尤其重要，因为疾病生物标志物在早期诊断、预后和治疗干预中发挥 ...; 个人分类: 科普|1454 次阅读|没有评论

ScIsoX：测量单细胞中异构体水平转录组复杂性: 张俊鹏 2025-11-17 09:52; ScIsoX ：测量单细胞中异构体水平转录组复杂性可变剪接通过从有限数量的基因中产生多种转录本异构体，极大地扩展了真核细胞的功能多样性。近年来单细胞异构体分析技术的进步，使得在前所未有的分辨率下对转录本多样性进行全面表征成为可能。目前已有两种互补的方法可供选择：短读方法，虽然通量高但异构体 ...; 个人分类: 科普|1221 次阅读|没有评论

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