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CircTarget：多种细胞类型circRNA调控综合数据库: 张俊鹏 2026-1-23 10:45; CircTarget ：多种细胞类型 circRNA 调控综合数据库环状 RNA （ circRNA ）是共价闭合的 RNA 分子，主要通过 pre-mRNA 反向剪接形成，即下游的 5' 剪接供体位点与上游的 3' 剪接受体位点连接，形成特有的反向剪接接头（ BSJ ）。这个过程在整个转录组中产生了数十万个不 ...; 个人分类: 科普|1455 次阅读|没有评论

单细胞RNA数据标准化基准测试: 张俊鹏 2026-1-21 09:56; 单细胞 RNA 数据标准化基准测试近年来，单细胞 RNA 测序（ scRNA-seq ）已成为生命科学领域的一项开创性技术，为研究人员提供了前所未有的洞察力，深入了解细胞异质性和识别稀有细胞群体。 Luo 等人整合了五种不同自身免疫性疾病外周血细胞的 scRNA-seq 数据，揭示了 18 种不同的免疫细 ...; 个人分类: 科普|1428 次阅读|没有评论

RNA流速推断算法基准测试: 张俊鹏 2026-1-19 10:47; RNA 流速推断算法基准测试高通量测序的快速发展，特别是单细胞 RNA 测序和空间组学，为研究细胞动态如分化、异质性和细胞周期等开辟了新途径。传统的轨迹推断方法通过施加预定义的结构假设来重建这些动态，例如线性结构、树状结构或基于不连接图的拓扑结构。这些轨迹推断方法仅基于基因表达的静态快照 ...; 个人分类: 科普|1157 次阅读|没有评论

Pertpy：扰动分析的端到端框架: 张俊鹏 2026-1-16 14:05; Pertpy ：扰动分析的端到端框架理解细胞对刺激的反应对于描述生物现象和机制至关重要。单细胞数据已越来越多地从观察性实验转向扰动实验，包括基因修饰、化学处理、物理干预、环境变化、疾病及其组合。 Perturb-seq 、 CROP-seq 和 Sci-plex 等技术利用单细胞读数来大规模捕捉扰动。通过监测细胞 ...; 个人分类: 科普|1512 次阅读|没有评论

通过交集基数凹度检测动态因果性: 张俊鹏 2026-1-14 11:24; 通过交集基数凹度检测动态因果性与统计相关性相比，因果关系为复杂系统中变量之间的关系提供了更深入的理解和描述。因果推理算法已广泛应用于自然科学和工程领域的许多领域，如地球科学、经济学、医学、神经科学和机器学习。量化因果关系的研究工作可以追溯到 20 世纪 20 年代初 Neyman 的开创性 ...; 个人分类: 科普|1763 次阅读|没有评论

癌症多组学生物标志物发现的计算方法基准测试: 张俊鹏 2026-1-12 19:51; 癌症多组学生物标志物发现的计算方法基准测试高通量技术使得能够在基因组、转录组、表观基因组、蛋白质组和代谢组层面大规模分析人类癌症。这些检测共同构成了肿瘤生物学的全面且互补的视角，极大地扩展了从庞大的分子候选者库中发现能够提供预后信息并指导治疗选择生物标志物的领域。然而，数据的维度高、肿 ...; 个人分类: 科普|1691 次阅读|没有评论

基于贝叶斯网络的单细胞数据中基因调控网络的因果评估: 张俊鹏 2026-1-10 15:38; 基于贝叶斯网络的单细胞数据中基因调控网络的因果评估单细胞转录组学（ SCT ）在生物学和医学中被广泛用于深入理解疾病机制。 SCT 数据分析涉及许多任务，如细胞聚类和注释，支持基因调控网络（ GRN ）的推断。在实现这些功能的软件工具中，有两个选项： SCENIC ，它使用转录因子和基因关系；以及 ...; 个人分类: 科普|2092 次阅读|没有评论

Profiler：一个用于多组学分析的开放网络平台: 张俊鹏 2026-1-9 20:42; Profiler ：一个用于多组学分析的开放网络平台高通量技术的出现，如下一代测序（ NGS ）、质谱（ MS ）和微阵列，彻底改变了生物医学研究。这些平台生成大规模、多维度的数据集，统称为组学数据，包括基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学。这些数据集在阐明生物机制、发现疾病生物标志物和确定 ...; 个人分类: 科普|2221 次阅读|没有评论

数据重采样和集成学习在多类不平衡学习中的有效性: 张俊鹏 2026-1-8 20:23; 数据重采样和集成学习在多类不平衡学习中的有效性不平衡学习是使用机器学习算法开发分类模型时最常见的挑战之一，因为这些算法通常只在平衡数据集上才能有效工作。许多分类案例都面临类别不平衡的问题，例如医疗保健领域的数据分类、网络安全、金融、制造业、电信和商业。以往的大多数研究都集中在二元类数据 ...; 个人分类: 科普|2210 次阅读|没有评论

geneRNIB：基因调控网络推理的动态基准: 张俊鹏 2026-1-5 09:55; geneRNIB ：基因调控网络推理的动态基准基因调控网络（ GRN ）是理解健康与疾病中细胞身份和行为的基础。这些网络描述了基因表达如何通过转录因子（ TF ）、顺式调控元件（ CRE ）和关键辅因子之间的复杂相互作用得到控制，这些相互作用受表观遗传修饰和反式调控元件的影响。鉴于直接实验验证调控相 ...; 个人分类: 科普|2620 次阅读|没有评论

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