科学网博主薛宇老师之前写了一篇博文 "史上最强灌水：奇葩的MEGA", 介绍了MEGA软件超强的大师级别的"灌水".

大师就是大师阿, 这不, MEGA6已经出来了 (http://mbe.oxfordjournals.org/content/early/2013/10/16/molbev.mst197.abstract.html?papetoc), 这次大师们又把MEGA"升级"了, 增加了RelTime method来估计物种的分歧时间. 其实现在最常用的估计分歧时间的软件一个是BEAST, 一个是PAML的MCMC, 这两种方法都考虑到了rate variaiton among different lineages. 当然, 随着基因组数据的陡增, 这两个软件确实存在计算时间过长的问题, 并且由于要使用化石数据来校正, 也增加了估计结果的不确定性.

而"RelTime produces estimates of relative times of divergence for all branching points (nodes) in any phylogenetic tree without requiring knowledge of the distribution of the lineage rate variation and without using clock calibrations and associated distributions ", 所以貌似这个方法还是有些新意和价值的. 不过我个人感觉还得需要更多的empirical data来证明吧.

另外说个题外话, 见过Sudhir Kumar两次, 确实能说会道, 能言善辩, 大师就是大师嘛, 很会卖东西的.