铁皮石斛种植过程中，病源性病害主要有真菌性病害、细菌性病害、病毒病和线虫病等。

（1）病害防治要本着“预防为主，综合防治”和“治早、治小、治了”的原则，在发病前采取预防措施，如通过科学合理的肥水管理，使植株生长健壮，一般说来，生长健壮的植株比生长较差的植株更不易发病，在发病后，赿早采取措施赿容易控制病害的漫延。

（2）对瓶苗而言，出瓶种植时要将污染苗与非污染苗分开单独清洗，对污染苗而言，在种植前最好用杀菌剂浸泡数十秒钟钟后再种植。

（3）定植后要根据苗的生长情况与发病情况及时用药。发现有病害的植株时应迅速清除，并根据诱发病害的病原物种类喷施不同的杀菌剂。如发生真菌类可用甲基托布津、嘧菌酯、百菌清和丙森锌等杀真菌剂，如发生细菌性病害，可用农用链霉素、春雷霉素等药物防治，但病毒病目前还没有有效的防治药物。对经验不足的种植者而言，要辨认所有的病害是一件非常不容易的事情，但鉴于目前的杀菌剂有很多都是广谱性的，如真菌类的杀菌剂基本上对大部分真菌性病原菌都有杀灭作用，细菌类的杀菌剂基本上对大部分细菌类病原菌也有杀灭作用。因此在选用杀菌剂时，不必纽结于具体的病害，只需能大体分辨出是细菌类病害或是真菌类病害就基本可以了。当然，在具体使用时，一定要按照具体农药（杀菌剂）的说明进行使用，因为使用不当时，有可能起不到治病的作用或造成药害。

（4）通过环境控制来降低病害发生，如定期在棚内地面上洒施石灰。洒施石灰既可起到消毒作用（杀灭病原菌），还可杀灭地面上的害虫。