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约在中学和大学时代,读过薛定谔的《生命是什么?》的“负熵流”观点,又读过布里渊的“负熵”是信息的概念,以及维纳的控制论的信息是组织化的度量;因而,得出结论生物是信息控制系统,这就是我在生物系统的结构论中表述的逻辑推理模式,即欧几里德几何学、摩尔伦理学和老子道德经中的演绎与论证。
今天是1999年元月26日建立生物系统网络(biosystem network)14周年 - 全球第1家系统生物科学与工程网站,1999年10月在Nature和12月在Kybernetes和2000年元月在Principia Cybernetica Web等链接,远在胡德(L.Hood)的系统生物学研究所和北野宏明(H.Kitano)的系统生物学国际会议之前。尽管我组织1996年转基因会议与胡德、R.Ivarie的email通信都是1996年8月,筹备2001年系统生物科学与工程国际会议在2000年元月email邀请M.Tomita(北野宏明e-cell课题组于2000年10月发布11月举办国际会议)。
1999年生物系统网络(biosystem network)在线公布了:我自1991年以来的系统生物科学与工程(医药学、遗传学和生物工程及细胞动力学等)观点,为筹备国际会议1999年设计的国际上第1个转基因与仿生学整合的细胞通讯分子电路概念图,计算(computational)、实验和工程方法研究生物系统与人工生物系统的定义,以及实证分析与系统综合(synthetic)的方法和结构论* - 结构互补、功能耦合和分层组织的协同演化的生物信息系统原理,包括分子、细胞、器官相互关系的节律稳态与自组织层次的模型等。
其实,在中学时代我的数学、物理、化学非常好,有最好的老师 – 毕业于武汉大学、北京师范大学等,由于文革原因从大学、研究所回到家乡成为中学教师。走进生物学研究最初出自薛定谔等影响,起因于在生物学中探索数学和物理学新的定律;然而,得出的结论是生物系统是机器系统,因而,可以采用工程(纳米 - 1999年与提出DNA纳米技术的N.C.Seeman许多来回通信、微电子)等方法进行研究。
大学毕业后,源于海克尔论述生物重演律的《宇宙之迷》和生物形态发生学等,开始探索拓扑生物学,在中西医学比较开始数学图论等研究,而读到理论生物学家R.Rosen等**生物系统分层理论和拉兹洛等系统科学与哲学,以及90年代初在系统生态学、系统生理学中看到控制论和系统论等数学模型时,系统生物科学(包括系统遗传学和医药学)与工程的观点已经形成并发表。
在90年代中科院中关村的研究所,转换到生物技术、全基因合成和计算机技术、生物信息软件分析等方法,基因组和差异表达分析等细胞分子系统层面的信号传导与基因调控网络,以及转基因技术和转基因动物的基因相互作用等复杂问题探索,组织国际会议和筹备国际协会,以及互联网等成为国际化通讯与交流的契机。
[注]:
*,2001年之后北野宏明的展开论述是其3规律,2007年D.Kell论述系统生物学为结构建模,2008年S. Benner论述系统与合成生物学的“结构论”等。
**,“systems biology”词汇实际上也是在2008年检索文献查阅我所用过的词汇(新词汇或旧词汇重新定义)时,看到出现在1993年Zieglgansberger W 和Tolle TR的论文摘要中,而在阅读Wolkenhauer O.的2001年系统生物学论文得知1968年在美国西保留地大学“systems theory and biology”会议上D.Mesarovic提出“systems biology”术语,然后才得知论文集是D.Mesarovic与R.Rosen一同编辑;然而,作为熟悉的“systematic biology”(也译为系统生物学)和“systematics”分类学术语产生过负面影响,一度徘徊于使用什么词汇恰当,包括重新定义“biosystem science and engineering” - 国际上1996年之前与1999年之后概念明显转变,瑞士在2007年建立D-BSSE系统与合成生物学研究中心。
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