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作为科学来说是一个发展观,前有渊源,后有进展,符合人类认知的逻辑规律。
依据历史过程来看系统生物学:1)从神经系统控制论、耗散系统热力学到非线性系统动力学;2)从计算机数学建模、生物信息学到计算生物技术;3)从基因差异表达分析、功能基因组学到组学生物技术;4)从生物化学合成、转基因生物技术到合成生物学;5)从生物化学代谢系统、信号传导路径到基因调控网络等,都几经跨越。
现代概念的系统生物学是发起于1996年-1999年,定义为计算(computational)与实验方法结合研究生物系统,计算生物学、实验生物学和生物系统等都是已有概念没有再定义,只是叙述各层次的系统与理论。21世纪,第一代系统生物学家形成于1999年-2001年;然而,属于平行发展,从理论、计算、实验和工程(合成)等角度同时论述和发表系统生物学。
贝塔朗菲在1968年版的《一般系统论》中明确论述了“以系统论和数学模型方法的开放生物系统研究”概念,1968年Mesarovic D(http://systemsbiology.case.edu/sysbio/SysBio.shtml)提出系统生物学术语*;因此,系统生物学历史应该是从60年代开始(这种观点包括Nobel D、Kell DB.和Voit E.等几个系统生物学研究中心),尽管80年代后国际上基本陷入沉寂,21世纪许多理论和数学生物学家提到注入理论与实验结合研究的新概念和实验生物技术方法等发展,带来了新的活力与生机,包括西雅图研究所Hood的博士生Ideker T和举办2000年国际会议的Kitano也说明了是在计算生物学和分子生物学层面的发展,而Knight的博士生Weiss在2011年亚洲冷泉港合成生物学年会上也明确说到合成生物学的实验、计算与工程方法研究人工生物系统的概念 – 因此,系统与合成生物学是在系统层面的理论、计算与实验、工程方法的生物系统与人工生物系统研究,国际上的研究机构网页,必然是表述这个概念。
注*:
我在90年代国内读到系统生态学、系统生理学等,但检索到“systems psychology”(1958年Parry JB.)、“systems biology”(1993年Tolle TR等)和“system bio-medicine”(1992年Kamada T.)等词汇是2007年之后,并2008年在国内外发表了系统生物学的学科提出年表。1968年在美国西保留地大学的“systems theory and biology”会议上Mesarovic D提出“systems biology”术语Wolkenhauer O.(http://www.sbi.uni-rostock.de/wolkenhauer.html)在2001年发表系统生物学论文已经论述。
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