育种在农业应用领域具有非常重要的地位，尤其是目前我们几乎所有的食物来源与人工养殖，由此，培育出好的品种就显得非常重要，而对目标性状的选择就是育种最为重要的环节之一。传统育种是通过表现型间接对基因型进行选择的，对质量性状一般是有效的，但是对于数量性状，由于它们受多基因控制和易受环境影响等，应用表型进行选择效率大大折扣。分子标记的应用可以加快对目标性状的选择，分子标记辅助至少具有以下几大特点：

1、  可以克服表型不易鉴定的困难。有的性状（如育性恢复、抗病性、抗寒性、抗旱性、耐盐性等）受环境的影响很大，需要在特定条件下才能够进行鉴定，而且鉴定费时费力。

2、  可以克服基因型难以鉴定的困难。

3、  可以利用控制单一性状的多个（等位）基因，也可以同时选择多个性状。

4、  能够进行早期选择，提高选择强度。

5、  可进行非破坏性的性状评价和选择。

6、  可加快育种进程，提高育种效率。

    理论上分子标记辅助育种拥有非常多的优点，但是目前应用成功的例子还相对较少，大多属于理论阶段。主要因素有以下几点：

1、  基因定位基础与育种实际应用脱节。

2、  DNA分子标记技术发展比较晚，许多与控制重要农艺性状的目的基因紧密连锁的分子标记还没有找到和定位。

3、  目前的一些连锁图谱还大多是RFLP标记绘制，需要进行转化。

4、  DNA分子标记分析鉴定技术有待自动化，费用还比较高。

   其中的典型的例子是在水稻中：日本和中国科学家利用每穗粒重分别为164粒和306粒的双亲Koshihikari（株高111cm）和Habataki（株高93cm），首次在世界上克隆出增加水稻穗粒数的水稻高产基因，并利用分子标记辅助选择培育出了既高产、又抗倒伏的新型超级水稻。此成果见如下Science 2005的一篇paper.

    Cytokinin Oxidase Regulates Rice Grain Production. 2005-Science（分子标记辅助育种）.pdf

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