在大多数例子中，亲本间没有表型差异但仍能检测到QTL，这可能是由于阳性和阴性QTL的互补效应。QTL作图能提供作图群体中的遗传组份分离的信息，所以可以鉴定具有不同QTL等位基因组合的单株,确定理想基因型的单株。例如，如果4个QTL控制一个性状,可以确定所有个体每个QTL等位基因的组成,很容易检测4个阳性QTL的单株。因为等位基因的分散,不可能用单个群体检测到影响特定性状的所有QTL。因此,需要不同的实验来检测不同的QTL和QTL等位基因。比较QTL的效应和图谱位置可能分离多个QTL。然而,这个策略的前提是进行精确的QTL作图。

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这不是我个人的观点，高人的观点。之所以单独列出，是因为印象中：作图的前提是亲本间有表型差异，所以正确的观念应该是：分离群体中有表型的分离。