Sweave in R?
Sweave是R中的一个函数，用来生成统计报告的。如果你希望将R的代码和LaTeX的代码整合到一个文件中，可以用Sweave函数生成.tex文件，利用安装好的LaTeX编译TeX文件就能生成包含相应计算结果的pdf文件。
Sweave处理的是.Snw文件，其格式几乎与.TeX文
件相同，不同的是，其中的R代码包含在<<>>= 和 @ 之间，其中<<>>内部可以放置Sweave处理时的参数。
下面是一个简单的.Rnw文件的内容：
documentclass[a4paper]{article}
title{How to use Sweave? }
author{Jinlong Zhang}
begin{document}
maketitle
In this example we use hclust() in R to perform a cluster analysis into a LaTeX{} document:
<<>>=
x<-c(1,2,6,8,11)
dim(x)<-c(5,1)
d<-dist(x)
d
hc<-hclust(d, "single")
dend<-as.dendrogram(hc)
@
the dendrograms are also included:
begin{center}
<<fig=TRUE,echo=FALSE>>=
par(mfrow = c(2, 2),mar = c(4,3,1,2))
plot(dend)
plot(dend, nodePar=list(pch = c(1,NA), cex=0.8, lab.cex=0.8), type = "t", center=TRUE)
plot(dend, edgePar=list(col = 1:2, lty = 2:3), dLeaf=1, edge.root = TRUE)
plot(dend, nodePar=list(pch = 2:1, cex=.4*2:1, col=2:3), horiz=TRUE)
@
end{center}
end{document}

 将以上代码粘贴到记事本中，另存为test.Rnw文件，放置到R的工作目录，运行Sweave("test.Rnw")即可生成.TeX文件和相应的图形文件。eps图形文件等将在变异TeX文档时引用图形时用到。

可以看到，其中包含了两块R代码：
第一部分为
<<>>=
x<-c(1,2,6,8,11)
dim(x)<-c(5,1)
d<-dist(x)
hc<-hclust(d, "single")
dend<-as.dendrogram(hc)
@
第二部分为
<<fig=TRUE,echo=FALSE>>=
par(mfrow = c(2, 2),mar = c(4,3,1,2))
plot(dend)
plot(dend, nodePar=list(pch = c(1,NA), cex=0.8, lab.cex=0.8), type = "t", center=TRUE)
plot(dend, edgePar=list(col = 1:2, lty = 2:3), dLeaf=1, edge.root = TRUE)
plot(dend, nodePar=list(pch = 2:1, cex=.4*2:1, col=2:3), horiz=TRUE)
@

如果想要生成相应的pdf，只需用LaTeX变异相应的TeX文件即可。

注意：编译的时候，LaTeX会可能会提示找不到Sweave.sty文件，该文件可在C:Program FilesRR-2.9.0sharetexmf目录下找到，拷贝到TeX文件所在的目录下即可。

提供几个进一步学习的链接：
Sweave函数的作者Friedrich Leisch的主页：
http://www.stat.uni-muenchen.de/~leisch/Sweave/
www.stat.umn.edu/~charlie/Sweave
http://stat.epfl.ch/webdav/site/stat/shared/Regression/EPFL-Sweave-powerdot.pdf
http://biosun1.harvard.edu/courses/individual/bio271/lectures/L7/Sweave-manual-20021007.pdf

 

 

转载本文请联系原作者获取授权，同时请注明本文来自张金龙科学网博客。
链接地址：https://wap.sciencenet.cn/blog-255662-247885.html

上一篇：在windows中创建R程序包简明指南（2016年8月15日修订）
下一篇：在Ubuntu Linux编译r8s