利用中国农业科学院作物所王建康老师课题组开发的ICIM软件QTL IciMapping Version 4.2快速进行数据间的多重比较

http://www.isbreeding.net/

软件下载地址：https://isbreeding.caas.cn/rj/qtllcmapping/index.htm

QTL IciMapping Version 4.2

1.安装成功后，先新建一个工程项目

file--new project--命名和选择保存路径--

2.准备好输入数据

Example打开示例文件--AOV方差分析--打开Beans文件--对照示例文件填写输入数据格式--Observation表中输入实验数据信息-- 前三列依次分别为环境Environment，基因型或株系Genotype信息，Block实验区组或观测重复值--第四列开始为表型观测值--GeneralInfo中输入数据表中的总列数和总行数--保存好输入数据，并记住文件地址路径信息

3.导入输入数据

--Open--aov--打开输入数据所在文件夹,选择输入文件格式--点击输入数据文件--成功导入--

4.进行数据的多重比较分析

选择multiple comparison--点击Start--分析成功后点击result--mct即为多重比较的结果

补充

如果你的数据比较全面完整的话还可以做其他分析。

.aov文件下，可以点击Figures进行作图分析

可以作图分析，频率分布图，QQ图（看是否符合正态分布），双标图（PCA分析）

相关性分析

.gei 基因型和环境互作

.mct 多重比较

.pca 主成份分析

.sum 总结性表格

.tab 方差分析汇总  H^2_per_plot 和  H^2_per_mean（一般用平均数来做）是遗传力分析。

个人学习使用总结，同大家分享交流，如有错误烦请批评指正。

方差分析和多重比较

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