近日，河南农业大学王亚楠教授与合作者在《Microbiology Spectrum》发表了题为 “Genomic analysis of almost 8,000 Salmonella genomes reveals drivers and landscape of antimicrobial resistance in China” 的研究论文。该研究整合实验室已测序的1962个沙门菌基因组和6187个public数据，构建了迄今为止中国规模最大、综合性、高质量、开源的中国沙门菌基因组数据库（CLSGDB v2）。基于含有164个沙门菌血清型和295个序列型的CLSGDB v2，研究人员绘制并解析了沙门菌耐药基因、毒力基因和可移动遗传元件组图谱和时空动态特征。此外，还发现气候、社会和经济因素与沙门菌耐药性显著正相关。

研究整合得到的中国沙门菌基因组集合数据（CLSGDB v2）存储于中国科学院微生物研究所国家微生物科学数据中心（https://nmdc.cn/clsgdbv2），供公开访问、获取和下载使用。

主要结果1. Construction of the Chinese local Salmonella genome database version 22. Multi-locus sequence type diversity and patterns3. Temporal changes of AMR and ARGs4. Dynamics of ARGs across sampling periods, hosts, serovars, and geographic regions5. Temporal changes of VGs, plasmids, and MGE profiles6. Correlation analysis of climate, social, and economic factors with ARGs, VGs, and MGEs 图文导读

图1 中国Local沙门菌基因组数据库版本2（CLSGDB v2）的构建

图2 序列分型分析CLSGDB v2基因组

图3 CLSGDB v2中前10种血清型的耐药性动态变化

图4 CLSGDB v2中耐药基因的时空动态图谱

图5 质粒在不同时间、宿主、血清型和地理分布的动态变化

图6 气候、社会和经济等因素与沙门菌耐药、毒力和可移动遗传元件的相关性

最后，研究团队将构建的综合性、高质量、规模最大的中国沙门菌基因组数据库坂本2（CLSGDB v2）作为一个开放访问的数据库发布（访问网址：https://nmdc.cn/clsgdbv2），从而可以帮助监测研究164个沙门菌血清型和295个序列型。

文章链接： https://doi.org/10.1128/spectrum.02080-23。

数据库网址：https://nmdc.cn/clsgdbv2。

河南农业大学拔尖人才、特聘教授王亚楠为论文的第一作者，上海市疾病预防控制中心副主任技师许学斌为论文的共同第一作者。高福院士和张改平院士为论文的共同通讯作者。研究得到了国家自然科学基金、国家重点研发计划、河南省重大科技专项、河南农业大学高层次人才启动基金、中国科学院战略性先导科技专项、北京市科技计划等项目的资助。研究得到了国家微生物科学数据中心在数据存储、可视化和维护方面的支持和帮助。

主要作者简介：

  王亚楠，男，博士，河南农业大学特聘教授、拔尖人才，硕士生导师。扬州大学与中国科学院微生物研究所联合培养硕士。河南农业大学与中国科学院微生物研究所联合培养博士。主要从事家禽等动物肠道微生物组与耐药基因组学、预防兽医学、人兽共患病（沙门菌）与食品安全、病原微生物耐药与公共卫生等方面的教学与科研工作。在National Science Review、Environment International、Journal of Infection、Microbiology Spectrum等期刊发表学术论文21篇，其中第一（含共一）作者文章13篇。受邀为Frontiers in Microbiology、Science of the Total Environment、One Health Bulletin、iMeta 、Antibiotics和Animal Diseases等期刊的编委和审稿人。

联系邮箱：wangyanan1001@henau.edu.cn

  中国Local沙门菌基因组数据库版本2（CLSGDB v2）的构建和应用是团队前期研究工作的延续。王亚楠教授前期与合作者基于>3.5万株沙门菌和近2000个基因组数据揭示了2006-2019年我国沙门菌优势血清型及抗菌素耐药性的动态变化，发现了猪源ST34和鸡源ST19鼠伤寒沙门菌分别与引起儿童和成人感染的菌株有密切的相关性，在7个血清型中首次发现12个新的序列型（STs），首次在我国人源粪便样本中分离出替加环素耐药的兰道夫沙门菌，在其质粒上检测到tet(X4)基因，为制定食源性细菌疾病、食品安全、抗菌素耐药性和公共卫生防控策略提供了重要的参考依据。

参考文献：1. Yanan Wang^#, Xuebin Xu^#, Baoli Zhu, Na Lyu, Yue Liu, Sufang Ma, Shulei Jia, Bo Wan, Yongkun Du, Gaiping Zhang*, George F. Gao*. Genomic analysis of almost 8,000 Salmonellagenomes reveals drivers and landscape of antimicrobial resistance in China. Microbiology Spectrum. 2023;11(6): e0208023. DOI: https://doi.org/10.1128/spectrum.02080-23.

2. Yanan Wang^#, Yue Liu^#, Na Lyu, Zhiyuan Li, Sufang Ma, Demin Cao, Yuanlong Pan, Yongfei Hu, Hua Huang, George F. Gao*, Xuebin Xu* on behalf of the Bacterium-learning Union, & Baoli Zhu*. The temporal and spatial dynamics of antimicrobial-resistant Salmonella enterica and predominant serovars in China. National Science Review. 2023; 10(3): nwac269.

3. Yanan Wang^#, Zhiyuan Li^#, Na Lyu, Sufang Ma, Fei Liu, Yongfei Hu, George Fu Gao*, Baoli Zhu*. Comparative genomic analysis of mobile colistin resistance gene mcr-9 in Salmonella enterica. Journal of Infection. 2021; 82, e15-e17.

4. Yanan Wang^#, Fei Liu^#, Xuebin Xu^#, Hua Huang, Na Lyu, Sufang Ma, Luping Chen, Mengyu Mao, Yongfei Hu, Xiaofeng Song, Jing Li, Yuanlong Pan, Aiping Wang, Gaiping Zhang, Baoli Zhu, George Fu Gao*. Detection of plasmid-mediated tigecycline resistance gene tet(X4) in a Salmonella enterica serovar Llandoff isolate. Infectious Microbes & Diseases. 2021; 3, 198-204.