GAMIT软件结构由数据准备、轨道计算、模型改正、数据编辑和参数估计5部分组成。

一、数据准备：RINREX格式的数据转换为软件特有的数据格式(x-file)；剔除一些不正常的观测值（如缺伪距或某个相位数据）；根据测站的先验坐标lfile.、星历(brdc、igs)和伪距数据确定站钟偏差的先验值或站钟偏差多项式拟合系数的先验值。

二、轨道计算：将广播星历或精密星历改成标准轨道；如果需要改进轨道，则进行轨道积分，将卫星坐标及坐标对初始条件和其他待估参数的偏导写成列表形式。

sh_bcfit：广播星历

sh_sp3fit：精密星历

三、模型改正：对观测值进行各种误差模型改正（对流层折射、潮汐、自转等）得到理论值及一阶偏导，从观测值中扣除这些理论值得到相应的验前观测残差。

grdtab：Generate a U-file by reading one or more list or grid files for ocean tidal loading, atmospheric loading, and meteorological data. 

U-文件 ：在解算中用到的每个测站的海洋、大气负载和气象资料，由全球格网(例如otl.grid,atlm.grid,met.grid)内插生成或对于具体测站从文件列表中读取其值(例如：IGS 网，otl.list,atml.list,met.list)。

四、数据编辑：修正相位观测值的周跳，剔除粗差。

两次解算数据编辑清洗过程：

autcln：读取由MODEL输出的C-文件，检索周跳，外推计算验前(prefit)单程残差和双差残差，在所有可疑的地方插入额外的偏离值；产生包含相位数据改正数和验前(prefit)残差的"a"系列C-文件。

autcln：使用从新的坐标值得到的平滑残差，重新清理数据，并输出“b”系列的C文件。

五、参数估计：采用最小二乘或卡尔曼滤波估计，由编辑干净的非差观测值或双差观测值求解测站坐标、相位模糊度、（如果采用定轨或轨道松弛）卫星轨道改正值、地球自转和对流层湿分量天顶延迟等参数。

两次参数估计过程：

cfmrg：为最小二乘拟合生成M-文件：定义并选择平差参数和将要读取的多个C-文 件。 

solve：执行一个针对站点坐标和轨道参数的最小二乘估计；用参数平差更新M-文件 (为了编辑验后(post-fit)残差)；把一组调整后的坐标写入“a”系列L-文件，把一组调整后的轨道初始条件写入“a”系列G-文件。由这次快速解决产生的M-文件和Q-文件的文件名的第6个字符通常用“p”来命名。

cfmrg：创建一个新的M-file并用“b”系列C-files的文件名来命名；这个“正常解算”的M-文件的文件名通常以“a”作为第六个字符。 

sh_sigelv：将从“autcln.post.sum”获取的数据噪声(权)和固定了的宽巷模糊度，写入N-文件。 

solve：进行位置坐标和轨道参数的最小二乘估计，根据分析的类型来尝试着解决相位整周模糊度问题。执行 solve将进行参数调整并以此更新 M-文件，以便查看或者编辑验后(post-fit)残差。它也将重写“a”系列的L-文件，并创建一个“b”系列G-文件。与 M-文件类似, 这种解决方法下产生的 Q-文件，其文件名的第六个字符用“a”来命名。

GAMIT批处理文件脚本b{expmt}.bat中如下流程循环：

无论 sestbl.文件中的参数项“AUTCLN Postfit”被设置为 N 或 Y，结算后都将检查验前和验后的nrms是否被下降 30％以上。如果是，将通过model、autcln 和 solve 再次进行迭代结束循环。

b{expmt}.bat运行流程如下：

arc：局部地运用初始条件来生成一个轨道星历文件(T-file)，该条件是一个由 sh_sp3fit, sh_bctot 创建的 G-file ，或者是从SOPAC复制过来的。如果你已经用 sh_sp3fit, sh_bctot 创建了一个 G-file，或者已经从 SOPAC 复制过来的话，这个步骤可以跳过。

yawtab：利用输入的T-文件和由arc所新产生的简化偏航量表，在每个观测历元为每 个SV生成一个偏航量表。

grdtab：通过读取一个或多个海洋潮汐、大气装载和气象数据的列表或网格文件，生成一个U-文件。

model：计算每个X-file中观测值的验前(prefit)残差("O-C's")和部分派生物，产生多个 与X-文件同名(除首字母外)的C-文件。

autcln：读取由MODEL输出的C-文件，检索周跳，外推计算验前(prefit)单程残差和双差残差，在所有可疑的地方插入额外的偏离值；产生包含相位数据改正数和验前(prefit)残差的"a"系列C-文件。

cfmrg：为最小二乘拟合生成M -文件：定义并选择平差参数和将要读取的多个C-文件。

solve：执行一个针对站点坐标和轨道参数的最小二乘估计；用参数平差更新M-文件 (为了编辑验后(post-fit)残差)；把一组调整后的坐标写入“a”系列L-文件，把一组调整后的轨道初始条件写入“a”系列G-文件。由这次快速解决产生的M-文件和Q-文件的文件名的第6个字符通常用“p”来命名。

model：用更新后的坐标数据，重新计算O-C's和来自原始X-文件的相应内容，并创 建“b”系列的C-文件。

autcln：使用从新的坐标值得到的平滑残差，重新清理数据，并输出“b”系列的C文件。

cfmrg：创建一个新的M-file并用“b”系列C-files的文件名来命名；这个“正常解算”的M-文件的文件名通常以“a”作为第六个字符。 

sh_sigelv：将从“autcln.post.sum”获取的数据噪声(权)和固定了的宽巷模糊度，写入N-文件。 

solve：进行位置坐标和轨道参数的最小二乘估计，根据分析的类型来尝试着解决相位整周模糊度问题。执行 solve将进行参数调整并以此更新 M-文件，以便查看或者编辑验后(post-fit)残差。它也将重写“a”系列的L-文件，并创建一个“b”系列G-文件。与 M-文件类似, 这种解决方法下产生的 Q-文件，其文件名的第六个字符用“a”来命名。