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云南师范大学黄媛教授介绍及The Plant Cell上发表文章情况

已有 5945 次阅读 2022-1-14 11:06 |个人分类:云师学者群|系统分类:人物纪事

黄媛,女，1978年生，云南师范大学生命科学学院教授，博士生导师，主要研究方向植物学、植物系统与进化、植物基因组学.

一、主要研究方向：

高山植物的适应性进化

植物新基因的起源与演化

二、学历及研究简历:（从本科起正序）

2014年9月-至今, 云南师范大学, 生命科学学院, 教授。

2006年7月-2014年8月, 中国科学院昆明植物研究所, 助理研究员、副研究员（其间，2008年10月-2008年11月, 日本冈山大学, 农学系, 访问学者；2011年8月-2013年12月, 美国芝加哥大学, 生态与进化系, 访问学者；）；

2001年9月–2006年6月, 中国科学院昆明植物研究所, 博士，植物学；

1997年9月–2001年6月, 西南大学, 学士，农学；

三、近三年主持的国家级或百万以上其他项目：

1. 国家自然科学基金地区基金，31960050、高山植物对横断山隆升导致的气候环境变化的响应机制--以长柱独花报春为例、2020/1-2023/12、38万元主持。

2. 国家自然科学基金地区基金，31560062、独花报春属及其近缘属花柱多态性的演化转变、2016/1-2019/12、54万元、主持。

3. 国家生态环境部，2019生物多样性调查与评估子课题，荞麦遗传资源调查与保护成效评估，2019/6-2020/5、25万元、主持

4. 云南省教育厅科学研究基金重点项目，2015Z057、独花报春花柱二态交配系统的适应性进化研究、2015/09-2018/08、2万元、主持。

5. 云南师范大学博士科研启动项目，01200205020503101、独花报春属的系统学及其异型花柱的进化研究、2016/1-2018/12、5万元、主持。

四、发表的主要论文

1.Huang, Yuan; Chen, Jiahui; Dong, Chuan; Sosa, Dylan; Xia, Shengqian; Ouyang, Yidan; Fan, Chuanzhu; Li, Dezhu; Mortola, Emily; Long, Manyuan; Bergelson, Joy Species-specific partial gene duplication in Arabidopsis thaliana evolved novel phenotypic effects on morphological traits under strong positive selection. The Plant cell,2021.10.1093/plcell/koab291

2.Yang, Xuedan; Huang, Yuan; Li, Zhonghu; Chen, Jiahui Complete plastid genome of Primula calliantha Franch. (Primulaceae): an alpine ornamental plant endemic to Hengduan Mountain, China MITOCHONDRIAL DNA PART B-RESOURCES 2021,6(9)2643-2645.10.1080/23802359.2021.1963868

3.Liu Yunqi; Chen Xiong; Zhang Li; Huang Yuan.The complete chloroplast genome of Glaux maritima, a monotypic species.MITOCHONDRIAL DNA PART B-RESOURCES,2021,6(8): 2137-2138.10.1080/23802359.2021.1944370

4.Zhang, Li; Chen, Xiong; Huang, Yuan The complete mitochondrial genome ofSalix polaris,a specie in harsh arctic environment.MITOCHONDRIAL DNA PART B-RESOURCES,2020,5(3)3448-3449.10.1080/23802359.2020.1823269

5.Chen, Xiong; Zhang, Li; Huang, Yuan; Zhao, Fuwei Mitochondrial genome ofSalix cardiophyllaand its implications for infrageneric division of the genus ofSalix.MITOCHONDRIAL DNA PART B-RESOURCES,2020,5(3):3503-3504.10.1080/23802359.2020.1827065

6.Wu Zhikun; Chen Xiong; Zhang Li; Huang Yuan.The complete chloroplast genome of Primula beesiana, an ornamental alpine plant from SW China.MITOCHONDRIAL DNA PART B-RESOURCES,2020,5(1)182-183.10.1080/23802359.2019.1698377

7.Zhang Li; Chen Xiong; Huang Yuan; Wu Zhikun.The complete chloroplast genome of Primula helodoxa, a species endemic to China.MITOCHONDRIAL DNA PART B-RESOURCES,2020,5(1)194-195.10.1080/23802359.2019.1698988

8.Chen Jia-hui; Huang Yuan; Brachi Benjamin; Yun Quan-zheng; Zhang Wei; Lu Wei; Li Hong-na; Li Wen-qing; Sun Xu-dong; Wang Guang-yan; He Jun; Zhou Zhuo; Chen Kai-yun; Ji Yun-heng; Shi Ming-ming; Sun Wen-guang; Yang Yong-ping; Zhang Ren-gang; Abbott Richard J.; Sun Hang.Genome-wide analysis of Cushion willow provides insights into alpine plant divergence in a biodiversity hotspot.NATURE COMMUNICATIONS,2019,10,10.1038/s41467-019-13128-y

9.Wu Zhi-Kun; Zhao Fu-Wei; Chen Jia-Hui; Huang Yuan.Primula dongchuanensis (Primulaceae), a new species from northern Yunnan, China.PHYTOKEYS 2019,130:171-181.10.3897/phytokeys.130.35047

10.Chen, Xiong; Zhang, Li; Li, Wenqing; Huang, Yuan; Wu, Zhikun The complete chloroplast genome of Primula bulleyana, a popular ornamental species MITOCHONDRIAL DNA PART B-RESOURCES 2019,4(2):3673-3674.10.1080/23802359.2019.1678436

11.Zhang Yong-Hong; Huang Yuan; Li Zhi-Min; Zhang Shu-Dong.Characterization of the complete chloroplast genome of the vulnerable agarwood tree, Aquilaria yunnanensis (Thymelaeaceae).CONSERVATION GENETICS RESOURCES,2019,11(2):161-164.10.1007/s12686-018-0989-0

12.Huang Yuan; Chen Xiong; Chen Jiahui; Li Zhimin.DNA barcoding and phylogenetic relationships in Omphalogramma (Primulaceae) from the Hengduan Mountain region of China.PHYTOTAXA,2019,402(2):97-106.10.11646/phytotaxa.402.2.3

13.Li Wenqing; Shi Mingming; Huang Yuan; Chen Kaiyun; Sun Hang; Chen Jiahui.Climatic Change Can Influence Species Diversity Patterns and Potential Habitats of Salicaceae.Plants in China FORESTS,2019,10(3 ).10.3390/f10030220

14.Guo Jian-Ling; Li Zhi-Min; Yu Yan-Hong; Huang Yuan; Zhang Yong-Hong.The complete chloroplast genome of Ottelia acuminata var. songmingensis, an Endangered aquatic macrophyte in China.MITOCHONDRIAL DNA PART B-RESOURCES,2019,4(1):1624-1625.10.1080/23802359.2019.1604101

15.Huang Yuan; Chen Xiong; Chen Kaiyun; Li Wenqing; Shi Mingming; Chen Jiahui.The complete mitochondrial genome of Salix paraflabellaris, an endemic alpine plant of Yunnan province of China.MITOCHONDRIAL DNA PART B-RESOURCES,2019,4(1):1394-1395.10.1080/23802359.2019.1598823.

16.Chen Xiong; Li Wenqing; Chen Kaiyun; Shi Mingming; Huang Yuan.The complete chloroplast genome of Leucosceptrum canum, a monotypic species.MITOCHONDRIAL DNA PART B-RESOURCES,2019,4(1):1664-1665.10.1080/23802359.2019.1607589

17.Huang Yuan; Wang Jun; Yang Yongping; Fan Chuanzhu; Chen Jiahui.Phylogenomic Analysis and Dynamic Evolution of Chloroplast Genomes in Salicaceae.FRONTIERS IN PLANT SCIENCE.2017.8.10.3389/fpls.2017.01050

18.Huang Yuan; Li Naiwei; Ren Zongxin; Chen Gao; Wu Zhikun; Ma Yongpeng.Reproductive biology of Primula beesiana (Primulaceae), an alpine species endemic to Southwest China.PLANT ECOLOGY AND EVOLUTION.2015,148(2):289-296.10.5091/plecevo.2015.867

19.Wang Xiaoyang，Liu Nian，Zhang Hongli，Yang Xiao-Jun，Huang Yuan，Leim Fumin.Extreme variation in patterns of tandem repeats in mitochondrial control region of yellow-browed tits (Sylviparus modestus, Paridae).SCIENTIFIC REPORTS,2015,5:13227.10.1038/srep13227

20.China Plant BOL Group1, De-Zhu Li, Lian-Ming Gao, Hong-Tao Li, Hong Wang, Xue-Jun Ge, et al. Comparative analysis of a large dataset indicates that internal transcribed spacer (ITS) should be incorporated into the core barcode for seed plants PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA.2011,108(49):19641-19646.10.1073/pnas.1104551108

21.Huang Yuan，Zhang ChangQin，Li DeZhu. Low genetic diversity and high genetic differentiation in the critically endangered Omphalogramma souliei (Primulaceae): implications for its conservation.JOURNAL OF SYSTEMATICS AND EVOLUTION,2009,47(2):103-109.10.1111/j.1759-6831.2009.00008.x

五、The Plant Cell上发表文章介绍

论文全文：koab291.pdf

近期，云南师范大学联合美国芝加哥大学、中国科学院昆明植物研究所、美国韦恩大学、华中农业大学等单位在The Plant Cell上发表了题为“Species-specific partial gene duplication in Arabidopsis thaliana evolved novel phenotypic effects on morphological traits under strong positive selection”的研究论文。云南师范大学生命科学学院黄媛研究员为论文的第一兼共同通讯作者。

https://doi.org/10.1093/plcell/koab291

新基因的产生是生物演化创新的主要驱动力之一，新基因不但可以维持着祖先基因的功能，同时也可能通过自然选择、突变等演化出新的功能。新基因起源的方式有多种，基因重复是人们最早认识的新基因产生的机制，通过对酵母、果蝇、拟南芥等物种的基因序列进行分析，发现基因重复是新基因产生的重要来源之一。最近产生的新基因（指演化上较短的时间，不同物种有差异，拟南芥指的是大概几个到二十个左右百万年），尤其是在最近几个百万年产生的新基因给我们提供了一个研究新基因起源和相关的表型演化的绝好机会。近年来，无脊椎动物和哺乳动物的研究发现支系特有和物种特有的新基因对表型演化有重要的影响。然而，我们对基因重复起源的新基因是如何影响植物的形态特征演化还了解很少，使得我们对植物新基因的表型演化的认识也比较缺乏。

该研究通过构建CRISPR-Cas9突变体、转录组测序、全基因组测序、构建形态特征的统计学模型等多种方法从多个层次来研究拟南芥新基因对形态特征的影响。通过比较基因组学分析和群体遗传学分析，鉴定了一个3.5个百万年前通过基因片段重复起源的拟南芥特有新基因（EXOV）。这个新基因受到了强烈的正选择，并检测到了受选择驱动的较快替代速率，新基因（EXOV）的蛋白序列较之老基因（EXOVL）以七倍以上的速率演化，说明新基因受到强烈的选择驱动新功能化。与老基因（EXOVL）比较，新基因与更多的基因进行直接或间接的互作。基于欧几里得距离的主成分分析表明新基因突变体具有大量的表型分化，突变体表型主要体现在植株矮小、开花时间延迟、发育迟缓，而双突变体则表现出更强烈的表型效应，说明新基因在植物形态的发育中发挥了重要的作用，可能经历着新功能化的过程。该研究为解释植物新基因影响表型演化的遗传基础提供了新视角，也为新基因驱动的表型演化提供了一个崭新的例证。